吕留良生活在明末清初急剧变化的时代，晚明社会的黑暗、士林的浮夸以及明朝最终的灭亡，促进了吕留良进行学术思想上的反思，探讨明朝灭亡的原因。　　吕留良在《论语讲义》中，用朱子“天理”的概念来解释“仁”和“礼”，认为二者均是“天理”，并没有本质的区别。而求仁的途径，就是要做克己复礼的工夫。对于克己复礼，吕留良做了较详细的区分。他认为克的对象是人欲，而复的对象是礼；克己与复礼既相同，又有区别；克己是克去人欲，但还远远不足，复礼则是在人心中建立牢固的仁，这样才能完满；另外，吕留良还将“克复”作为一个整体，对克复对象的发生时间，作了已发与未发的区别，并认为已发需要克复的工夫，而未发则需要个人的精明察觉。这又是对克复工夫深浅的一种区分。　　吕留良依据朱子的理论，批评王阳明心学的弊端，认为心乃理存放之所在，而不是学习的对象；良知乃是天所禀的一种自然之天理，相当于一种本能，却不是天理的全部；事物之理也就是吾心之理，两者是同一的；需要通过格物穷理的方法，从事物之理中求得完整的吾心之理；而从事物之理中求得吾心之理，那是圣人经世致用的理论依据。　　吕留良的学术思想，基本以朱子为宗尚。而在心理合一这一细节上，对朱熹的论点做了修正性的描述，认为心理本身就是统一的，求得事物之理的过程，就是求得吾心之理的过程，不需要再去合一。　　同时，他在《论语讲义》中，以朱子学说为基础，发挥了其民族思想，强调夷夏之辨，强调民族气节。这是他处在明清易代之际，基于士人对于文化的一点良苦用心与深切希望。