本文围绕长三角地区如何提升自主创新能力，即以区域研发联盟为典型形式的合作创新与自主创新之间的关系，促使区域研发联盟形成的政府和企业两股动因的影响，在长三角区域研发联盟构建中如何进行有效的制度安排等问题展开。 理论上，对Romer和Jones的内生增长模型进行拓展，试图将区域研发联盟置于其中，并在该框架中讨论自主创新问题，分析区域研发联盟的动因、自主创新以及区域经济增长之间的关系。理论分析结果表明，区域研发联盟的动因来自企业主导的区域化力量和政府主导的区域主义力量；在区域经济增长的过程中，自主创新会在知识存量水平较低时对经济增长产生负面影响。在知识存量积累到一定程度后，自主创新战略成为经济增长的必然选择。区域化力量是强化区域经济增长动力的因素，而政府在早期知识存量水平较低时如果施加过度的区域主义力量，可能会放缓经济增长；实证分析则验证了理论命题，发现长三角地区已经经过了知识存量水平较低的阶段，政府的区域主义力量对经济增长不再产生负面影响，同时，长三角地区企业间的积极创新合作促进了创新型驱动经济增长阶段的到来，我们可以利用现有条件，充分挖掘区域研发联盟的优势。 在对长三角区域研发联盟动因分析的基础上，初步考虑了制度安排的问题。进一步的实证研究表明，与企业相比，政府对高校和科研机构直接拨款存在效率缺失，政府对企业的拨款具有较高效率，企业才是区域研发联盟的内核。在明确了市场机制和政府支持的效果差别之后，通过一个简单的理论模型以及案例分析，为区域研发联盟中的政府提出建议，认为政府需要对传统行业给予比高技术行业更高的投入水平，但对于具有重大的跨时代意义的高技术创新，政府值得进行大力度的投入，结合台湾的案例，我们以长三角地区的创意产业、集成电路和软件产业、纺织业等行业为例，对构建区域研发联盟提出了更为具体的建议。