农村信用社作为我国金融体系的一个重要组成部分，在我国农业和农村经济发展中的地位和作用日益突出。但近年来，农村信用社在改革发展中所显现出来的管理体制缺陷越来越突出，管理体制缺陷已成为金融界关注的焦点。本文是教育部人文社会科学研究项目——《农村金融组织体系的缺陷及其治理》的一个子课题。文章采用逻辑推理结合实证分析的方法，研究农村信用社管理体制的主要缺陷，并提出治理建议。 从探讨合作金融的概念、特征入手，作者通过总结前人研究成果，借鉴西方国家合作金融管理体制的成功经验，探究我国农村信用社管理体制的变迁历程，深入分析我国农村信用社在管理体制上存在的主要缺陷。包括：产权虚置、风险责任无法落实，法人治理结构不完善，监管体制不健全，政策支持体系和风险补偿机制尚未建立等。进而分析管理体制缺陷对我国农村信用社运营状况的制约。 文章认为，在我国农村信用社管理体制缺陷的治理问题上，应遵循市场导向原则，合作制原则和分类指导、区别对待原则，稳步推进我国农村信用社管理体制缺陷的治理。并提出了我国农村信用社管理体制缺陷治理的具体建议。其主要内容：一是进行产权制度改革，完善法人治理结构；二是进行组织制度改革，实行组织模式多元化；三是构建具有中国特色的多级法人、系统管理的农村合作金融组织体系；四是加快合作金融立法，规范合作金融运行秩序；五是建立政策保障体系，提高防范和抵御风险的能力。