基于免疫组化结合生物信息学探讨转录因子FOXA1对前列腺癌的影响

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目的:基于26例广西壮族前列腺癌患者组织全外显子测序结果,对基因表达位于TOP2的FOXA1(Forkhead box protein A1)基因通过免疫组化和生物信息学技术探究FOXA1基因对前列腺癌的影响。方法:选择18对根治性前列腺癌手术患者的癌组织、癌旁组织和4例穿刺前列腺炎组织利用免疫组化检测其表达水平。基于癌症基因组图谱The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库中的493例前列腺癌组织和52例前列腺癌旁组织,系统分析FOXA1基因表达量与前列腺癌临床参考系数的关系。从Oncomine Cancer Microarray(Oncomine)数据库的Singh研究子集获得50例前列腺非癌组织、52例前列腺癌组织和Yu研究子集23例前列腺非癌组织、89例前列腺癌组织来探讨FOXA1在前列腺癌中的表达,应用SPSS 25.0软件统计分析数据以及Graphpad prism 5.0软件进行绘图。采用The cBioPortal for Cancer Genomics(cBioportal)、Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)获取FOXA1共表达基因后用Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins(STRING)绘制蛋白-蛋白相互作用网络,进一步以WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit(WebGestalt)分析FOXA1在前列腺癌中的Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集信号通路并做相关性分析。结果:免疫组化实验显示FOXA1在前列腺癌组织高表达,表达位于癌细胞核。前列腺癌组织中FOXA1表达明显高于非癌组织(P<0.001)。TCGA、Oncomine数据均显示,与非癌组织相比,FOXA1在癌组织里明显高表达,曲线下面积(AUC)分别为0.865(P<0.001),0.808(p<0.001),0.718(p<0.005)。应用WebGestalt的GO分析显示FOXA1、Androgen receptor(AR)、Sirtuin 1(SIRT1)三个基因在hormone-mediated signaling pathway、intracellular receptor signaling pathway和regulation of sequence-specific DNA binding transcription factor activity等等功能上富集(p<0.05),Graphpad prism 5.0软件回归分析结果显示TCGA数据库的FOXA1、AR和SIRT1表达量呈正相关(r2=0.1902,p<0.0001;r2=0.2214,p<0.0001),按照Gleason score组分析发现FOXA1和SIRT1在低危组(r~2=0.3387,p<0.001)、中危组(r~2=0.2224,p<0.001)、高危组(r~2=0.1204,p<0.001)均显著相关,FOXA1和AR在中低危组(r~2=0.4267,p<0.001)、中危组(r~2=0.2451,p<0.001)、高危组(r~2=0.1431,p<0.001)同样显著相关。KEGG分析显示AR、SIRT1参与Longevity regulating pathway,Amphetamine addiction和Prostate cancer通路,但FOXA1无明确直接相关通路。结论:FOXA1在前列腺癌中高表达,通过间接调控抑制基因蛋白、mRNA表达等方式参与前列腺癌的发生发展。另外,FOXA1具有预测作用,具有成为疾病诊断、靶向治疗因子的潜在可能性。
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