本文在大量相关文献阅读的基础上及系统工程思想方法的指导下，从影响我国科技综合实力的三个要素出发，即科技投入总量水平、科技投入资金配置和科技资金管理模式，运用理论剖析、国际比较等方法进行了理论及实证分析。 首先，从科技投入和经济增长的内在动力机理研究出发，建立了科技投入驱动经济增长的系统反馈模型和线性动力机理模型；然后，在模型分析的基础上，总结了发达国家科技投入资金总量水平、来源结构的经验模式，并对我国科技投入资金的总量水平及来源结构做了国际比较分析，从而得到目前我国科技投入资金总量仍显不足和投入主体结构不合理的结论。 其次，对科技投入资金使用结构和配置方式进行了理论和实证分析。在实证上，本文通过对我国科技投入资金使用结构的国际比较分析，得出了目前我国科技投入执行主体结构不合理和基础研究投入不足的结论。 第三，对政府科技投入资金的管理模式，即科技体制模式、资金投入模式、制衡管理机制进行了分析。 最后，通过以上三个要素的分析，提出了我国政府在进行科技投入管理时，要将“以科技、经济统筹协调发展为出发点，通过市场和计划相结合的配置方式，达到科技投入资源的系统配置最优；政府应采取‘有所为、有所不为’的科技投入原则，加强科技投入管理体制机制建设，进一步完善我国多元化、多渠道的科技投入系统”为指导思想，并相应地提出了我国科技投入资金管理的八条相关政策建议。