【摘 要】
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双斑东方鲀（Takifugu bimaculatus）是一种广盐、广温性河鲀,自我国黄海南部至南海海域均有分布。双斑东方鲀因其对水域盐度适应范围广且适应低纬度地区高温环境,成为了我国南方地区河鲀养殖业的主要品种。河鲀因其紧实鲜美的肉质和优质的营养成分广受消费者的喜爱,是具有较高经济价值的食用鱼类。然而,双斑东方鲀体型较小、生长周期较长限制了该物种的产业发展。随着河鲀消费市场需求的日益增长和遗传育种
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双斑东方鲀（Takifugu bimaculatus）是一种广盐、广温性河鲀,自我国黄海南部至南海海域均有分布。双斑东方鲀因其对水域盐度适应范围广且适应低纬度地区高温环境,成为了我国南方地区河鲀养殖业的主要品种。河鲀因其紧实鲜美的肉质和优质的营养成分广受消费者的喜爱,是具有较高经济价值的食用鱼类。然而,双斑东方鲀体型较小、生长周期较长限制了该物种的产业发展。随着河鲀消费市场需求的日益增长和遗传育种技术的成熟,通过遗传学手段提高产量成为改善双斑东方鲀养殖产业生产效率的必要工作。扩充双斑东方鲀遗传学资料、解析重要经济性状遗传机制是开展分子标记辅助育种的重要基础。本文构建了双斑东方鲀首个遗传连锁图谱,利用高精度的遗传连锁图谱进行了比较基因组分析、生长性状的全基因组遗传解析及基因组整合完善。主要结果如下:1.以双斑东方鲀全同胞家系F1代为作图群体,通过简化基因组测序挖掘了双斑东方鲀全基因组范围的遗传变异位点,绘制了双斑东方鲀的第一个高密度遗传连锁图谱（LM1-ddrad）,图谱包含22个连锁群,全长2,039.74cM,共有1,976个SNP标记位于1,896个独立位点上,图谱位点密度1.13 cM。通过与高通量染色质构象捕获技术辅助组装的双斑东方鲀基因组（Tbi-HiC）、近缘物种基因组的比较分析,对LM1-ddrad进行了验证:LM1-ddrad中99.05%的图谱标记序列对应至Tbi-HiC中,其中仅有0.2%的位点出现了分群错误,说明了 LM1-ddrad的高准确性。该图谱不仅丰富了双斑东方鲀的遗传资源,也为该物种后续遗传分析提供了高精度辅助工具。2.结合LM1-ddrad作图群体所有个体的全长（TL）、体长（BL）、体重（BW）性状,利用LM1-ddrad的全基因组框架对双斑东方鲀的生长性状进行遗传解析,对全长、体长、体重性状分别定位到5、6、7个显著相关区间,分布于LG6、LG7、LG8、LG10、LG20与LG21上。经扫描注释,在以上显著区间内识别到col11α1、foxa2、thrap3等参与脂肪代谢、骨骼形成、食欲调节等生长调控基因。以上关联位点为分子辅助育种等现代分子技术应用于双斑东方鲀养殖产业积累了丰富的候选标记。3.为进一步提升图谱的基因组整合效率,利用全基因组测序手段构建了双斑东方鲀超高密度遗传连锁图谱LM2-reseq,图谱全长2,014.07 cM,共有5,618个独立位点,包含617,931个SNP标记,全图位点间平均间隔0.36 cM,基因组整合效率91.2%。随后,以LM2-reseq的染色体框架组装了双斑东方鲀连锁图版本基因组。本文建立了定量评估不同基因组组装中同源染色体之间组装差异程度的方法,并将连锁图谱版本基因组与采用高通量染色质构象捕获技术（Hi-C）组装的染色体图谱进行比较,发现连锁图谱辅助组装的染色体具有较高的准确性。以近缘物种基因组为参考,通过精细的共线性分析发现两个组装版本中存在的片段倒位、移位、插入等潜在组装错误,结合遗传连锁图谱与Hi-C图谱的组装结果,为双斑东方鲀高质量基因组（Tbi-New）的完善提供了重要的整合信息。
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