在中国，很长一段时间内农村经济的发展都面临一个困境：在家庭承包经营的基本制度之下，传统小农户生产与现代化大市场经营之间的矛盾。农户的生产规模较小、土地过于分散、专业化程度低、融资困难、农业发展理念和技术滞后等等，这些导致了农村经济发展缓慢，农民的收入徘徊不前。而从近年来的中央1号文件都可看到，党中央始终坚持改造传统农业发展方式，着力于发展现代农业。在党的十八大报告中就提出了，要“构建集约化、专业化、组织化、社会化相结合的新型农业经营体系”，而农村专业合作组织是构建新型农业经营体系的重要经营主体，与现代农业的发展关系密切。在一定程度上讲，农村专业合作组织的发展将直接影响农业生产经营方式以及农民的增效创收。近些年，在国家强农惠农政策的支持与指导下，农村专业合作组织迅速发展，呈现出发展速度快、形式多样化；专业性强，趋向品牌化经营等特点，现在已经成为促进农村经济发展的重要力量。农村通过农民自愿组建的专业合作组织，以“民办、民管、民受益”为基本原则，实行进退自由、风险共担、利益共享，在原材料、生产、加工、销售等方面相互交流合作，共同管理、开拓市场、创建品牌，有效地提高了农民的抗风险能力与组织化、专业化、市场化的水平，增加了农民的收入。加快农村专业合作组织的发展，是调整农村生产力与生产关系矛盾、推动农业产业化经营、提高劳动生产率的必由之路。但是，目前我国农村专业合作组织的发展仍然还处在探索阶段，还存在一些问题值得进一步探讨与研究，比如农合组织相关法律制度的规范性问题、组织成员的利益分配问题、组织内部的管理问题、人才的引进和培养问题等。合理的制度安排是保证组织行为不偏离组织目标的必要措施，本文着重讨论农村专业合作组织的制度缺陷及其创新研究。本文从农村专业合作组织的内涵、原则及其作用入手，简要分析了我国农合组织的发展现状及其制度演进，并从中总结了制度变迁过程中所获得的经验；再从宏观转入微观，通过多次实地调研，介绍并分析了长沙市宁乡县农村专业合作组织的发展概况、政府职能分析、四个典型农合组织发展案例。文章最后，根据一系列的文献资料收集成果并结合实地调研结果分析，以制度变迁理论、社会资本理论、合作社理论为基础，从农村专业合作组织的外部运行环境和内部管理制度两方面分析了当前在农合组织发展过程中所存在的制度缺陷，并提出了“树立典型，促进联合；充分利用非正式制度及社会资本”等相关制度创新机制。