生态城市理论是在20世纪生态学科发展成一门研究人类与自然的综合学科，并以空前的速度横向地与社会学、经济学等人文学科进行相互渗透和“杂交”的情况下而产生的。其理论已从最初在城市中运用生态学原理，而发展到包括城市自然生态观、城市经济生态观、城市社会生态观和城市复合生态观等的综合城市生态理论。 当前，生态城市已经成为国内外城市建设中的一个热点，各国都在开展生态城市的建设实践活动，同时国内外众多组织与专家学者在生态城市基础理论方面也开展了多方面的研究，取得了一系列研究成果。然而由于生态城市概念正式提出尚不过20多年历史，就错综复杂的城市问题而言，生态城市理论研究中明显存在着很多需要继续深入和进一步探讨的问题。尤其是我国生态城市建设历史更短，存在着起步晚、基础薄弱、研究缺乏深度与系统性等问题，因而对生态城市理论进行进一步探讨具有重要的现实意义。 生态城市理论认为城市是一个由社会、经济与自然三个亚系统组成的复合生态系统。本文在对国内外生态城市理论进行综述、分析的基础上，注意到已有的生态城市概念定义中对城市社会、经济与自然三个亚系统之间的相互共存、相互影响、相互制约和相互促进的复杂关系给予的关注明显不够。而成功的生态城市建设实践应追求城市社会、经济与自然三者之间关系的协调，并促使三个亚系统各自的效益最大。因此，本文从这个角度出发，提出一个新的生态城市概念，即生态城市不仅是一个在更大范围内分享其公平份额的可持续子系统，同时也是由社会、经济与自然所组成的复合生态系统，其中社会、经济与自然三个亚系统相互之间关系协调，各自的效益处于最佳状态，而城市复合生态系统综合效益也达到最大。 在该生态城市概念定义的基础上，本文借鉴了国内外生态城市系统建模的思路与方法，而创建了城市社会—经济—自然三维系统模型。而该模型的组织结构为：城市复合生态系统由城市社会、经济与自然三个亚系统组成，而这三个亚系统又可进一步分解成若干个次一级的子系统，这些次一级的子系统各包含了若干个具体的基础指标。这样就构成了生态城市系统模型的四级指标体系(这四级指标分别为：①城市复合生态系统综合效益值；②城市社会、经济与自然三个亚系统效益值；③三个亚系统的次级子系统的效益值，比如社会亚系统中的基础设施等；④从属于次级子系统的各基础指标，比如基础设施中的人均住房使用面积、人均道路面积等)。在确定了各项基础指标的标准值和权重后，就可以对所研究城市的各个方面进行评价与分析，而将指标体系中的各级指标经过一系列的综合运算后就可以得出城市复合生态系统综合效益值以及各子系统的效益值，从而也就可以对所研究城市的生态化建设进展做出相关评价与分析，进一步也可以对城市今后生态化建设提供若干导向与决策参考。 在创建了生态城市系统模型及其相应的指标体系之后，本文选取了南京、无锡、常州和苏州四个城市作为实证进行了生态城市建设的比较研究，发现南京市城市生态化水平低于苏州、无锡而高于常州。分析进一步发现南京市城市社会、城市自然两个亚系统的效益值在四城市中都处于领先地位，然而经济生态亚系统效益值却位居末席。根据分析结果提出南京市今后城市生态化建设要以经济建设为主要突破口，同时兼顾城市社会、自然两个亚系统的建设的发展策略措施。 在比较研究之后，本文还选取了南京市1996、1998、2000、2002四个年份作为实证2进行了城市生态化建设进展的分析研究。研究结果表明，近两年来的城市行政区划调整对南京市城市生态化建设影响较为显著，其中城市社会亚系统受到的负面影响尤其明显，经济亚系统次之，而城市自然亚系统所受影响较小。分析结果表明南京市今后城市生态化建设重点之一应放到努力提高新并入市区各方面建设水平上来，比如要积极提高新市区的基础设施建设水平等。