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猪瘟(Classical swine fever, CSF)是由属于黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus)的猪瘟病毒(Classical swine fever virus, CSFV)引发的猪的一种急性、发烧和接触性传染传染病。每年对我国养猪业造成重大经济损失,被国际兽疫防治局(OIE)列为重大动物疫病。近些年来,全国范围内猪瘟兔化弱毒疫苗的使用有效地控制了猪瘟的大规模流行,但猪瘟在我国仍有散布流行,尚不能完全被消灭。一些学者认为,现在流行的毒株偏离弱毒疫苗株,是造成猪瘟疫苗对我国猪瘟病毒免疫保护作用有限的主要原因,也是疫苗免疫失败的一个重要原因。为了解我国猪瘟病毒流行及遗传变异情况,为有效地防治猪瘟提供理论依据,本论文进行了如下内容的研究：(1) CSFVE2基因遗传变异研究,采用RT-nestPCR方法,对2012-2014年来自我国12个省份的234份猪瘟阳性病料中的E2基因高变区的190片段进行序列克隆和测序,并对部分代表毒株的E2全基因进行克隆和测序,通过MEGA和DNAstar软件利用E2基因高变区的190片段序列构建了234株流行毒株的系统进化树,对部分具有代表性的毒株的E2全基因与参考毒株核苷酸及氨基酸的同源性进行比较,分析CSFV流行毒株E2蛋白的遗传变异情况。(2)分离株HuN23/2013和GXF29/2013全基因组的研究：参考Genbank上已发表CSFV全基因序列,设计引物,通过RT-PCR成功的分4段扩增了CSFV分离株HuN23/2013和GXF29/2013全基因组,并对两个分离株的同源性及细胞表位变异进行了分析。结果表明：我国流行的CSFV仍然以2.1亚群中的2.1b类占绝对优势,但也出现了一些新的变化,一是以石门株为代表的1.1亚群强毒株在我国可能已经消失,出现了新的2.1c类病毒,该类病毒于2011年后在我国流行的区域和流行强度有上升的趋势。2.1b类优势流行毒株和新出现的2.1c类毒株在某些重要的抗原表位位点和糖基化位点与临床上使用的猪瘟兔化疫苗存在差异,可能影响疫苗的免疫效果,也可能是目前非典型CSF长期存在的原因。对2013年两株流行毒株HuN23/2013和GXF29/2013的全基因序列分析表明,测定HuN23/2013和GXF29/2013全长分别为12295bp和12296bp,HuN23/2013是我国主要流行的2.1b类毒株,GXF29/2013是我国新近分化出来的2.1c类毒株,为建立CSFV反向遗传操作平台打下基础。