新疆矿产资源具有种类全、储量大、开发前景广阔的特点，在全国有着十分重要的战略地位。新疆作为欠发达的资源型地区，矿产资源有着独特的经济发展支撑作用，特别是当前，新疆大建设、大发展时期，工业和城镇化的快速发展，新疆矿产资源的勘查与开发工作大幅增加。而矿产资源的开发利用在带来经济利益的同时，也会对生态环境造成破坏，即产生严重的负外部性问题。新疆的生态环境较为脆弱，一旦环境造成破坏，将极大增加恢复治理的难度。但目前，新疆还未形成对矿产资源开发进行生态补偿的机制，为避免矿产资源开发带来更严重的生态问题，急需对新疆矿产资源开发生态补偿机制建立的相关问题开展研究。完善矿产资源开发生态补偿机制，协调新疆矿资源开发带来的生态环境问题，利于生态环境治理和恢复，也有利于落实自治区“资源开发可持续、生态环境可持续”理念和代际公平，促进矿产资源经济、生态、社会协调发展。本研究首先通过文献分析，对国内外生态补偿研究的现状和成果进行总结，对矿产资源开发生态补偿的理论依据进行梳理。其次着重分析了新疆矿产资源开发及生态补偿现状、存在的问题，并针对出现的问题进行原因分析。在此基础上，梳理矿产资源开发生态补偿的主要内容，提出完善新疆矿产资源开发生态补偿机制。厘清生态补偿机制的主体和客体，建立补偿的标准，设计多元化的补偿方式。以阿舍勒铜矿为例进行补偿标准测算。最后，对完善新疆矿产资源开发生态补偿提出相应的保障措施，主要从生态补偿法制建设的加强、营造良好的生态补偿环境，协调生态补偿部门和加强监管等方面加以保障。