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茶是世界范围内最受欢迎的饮料之一,越来越多的证据表明饮茶可以改善人类健康。从20世纪60年代以来,世界茶叶的消费量一直保持高速增长,茶产品类型日益丰富,茶树的栽培面积和茶叶产量也随之大幅增长。优良的茶树品种是茶叶生产中最关键的物质资料,21世纪多元化的市场需求为茶树良种选育工作带来了新的挑战。但由于其基因组复杂、育种周期长、多数经济性状为多基因控制的数量性状,茶树的遗传研究和优质品种选育均较为困难。基于DNA分子标记的遗传图谱是研究数量性状的有效工具,在此基础上发展的标记辅助选择(marker assisted selection, MAS)育种技术可以大幅提高多年生作物的育种效率。本论文首先通过开发筛选大量简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)标记,基于170株‘龙井43’ב白毫早’杂交一代(F1)作图群体,构建起一张高密度的茶树遗传图谱。接着,连续两年观测或测定该作图群体多个重要性状的表型数据,利用所构建的遗传图谱进行数量性状位点定位分析(quantitative trait loci mapping, QTL mapping),得到了40余个QTL。另外,本论文还从大量已定位到遗传图谱的标记中筛选出八个核心SSR标记用于构建中国主要无性系茶树品种的DNA分子指纹图谱。取得的主要研究结果如下：1.为获得足够的SSR分子标记用于遗传作图,以‘龙井43’、‘白毫早’以及它们的六株杂交子代的基因组DNA为PCR模板筛选了711个SSR标记,其中460个是根据茶树转录组序列新开发而成,另外251个是从其他两张茶树遗传图谱上转移而来。从这些标记中共获得342个(48.1%)在‘龙井43’ב白毫早’作图群体中有多态性的SSR标记,其中206个为本研究新开发。2.用上述342个多态性标记对‘龙井43’ב白毫早’作图群体的170单株代进行基因型分析。得到的基因型数据和已有的155个SSR标记的数据合并,用于构建遗传图谱。新构建的双亲整合图谱含有483个SSR标记,分布在15条连锁群上,总遗传图距为1226.2 cM,相邻标记间平均间距为2.5 cM。基于“双假侧交”作图理论分别构建了两个杂交亲本各自的遗传图谱。母本图谱(‘龙井43’)含有323个标记,总图距为1032.2 cM；父本图谱(‘白毫早’)含有303个标记,总图距为1322.5 cM。与父本相比,母本图谱上有更多的偏分离位点。3.新建的‘龙井43’ב白毫早’双亲整合图谱上有126个SSR标记是与其他两张茶树图谱共享的标记位点。基于这些共享位点,建立起了三张茶树遗传图谱15条连锁群的对应关系。来自不同图谱对应连锁群的遗传图距、共享标记的位置基本一致,为比较、验证不同作图群体中得到的QTL位点奠定了基础。4.连续两年(2014和2015)观测了‘龙井43’ב白毫早’作图群体的春季发芽期(timing of spring bud flush, TBF)、新梢颜色(young shoot color, YSC)、成熟叶片长度(mature leaf length, MLL)、宽度(mature leaf width, MLW)和叶形指数(leaf shape index, LSI)等性状。同时用高效液相色谱测定了该作图群体两年夏季新梢中七个儿茶素单体(catechines)和咖啡碱(caffeine, CAF)的含量。用上述表型数据结合所构建的遗传图谱定位到43个QTL,其中2个与TBF相关、5个与YSC相关、5个与MLL相关、3个与LSI相关、2个与咖啡碱含量相关、20个分别与七个儿茶素组分含量相关,还有6个与酯型儿茶素与非酯型儿茶素比值相关。共有14个QTL的LOD值达到全基因组极显著水平(P<0.01),且在两年的数据中均检测到。5.为了将SSR标记应用于茶树无性系品种鉴定,从已定位到遗传图谱的483个SSR标记中筛选出30个高质量、相互独立的SSR标记,结合高分辨率毛细管电泳检测技术,分析了128个中国主栽的无性系茶树品种。结果表明这些标记具有很高的多态性,平均每个位点可以检测到10.4条等位基因,平均多态性信息含量(polymorphic information content, PIC)为0.704。统计显示这些标记也具有很强的品种辨别能力,根据四个位点的基因型即可完全区分这128个茶树品种。基于等位基因的分布频率和不同等位基因条带大小差异,进一步筛选出八个核心SSR标记用于构建茶树无性系品种DNA指纹图谱。6.基于上述30个SSR位点的基因型数据,分析了128个无性系茶树品种间可能存在的亲子关系。结果共鉴定出47对可能的亲子关系,其中33对与育种记录相符,另外14对为首次发现。本论文所得到的SSR标记、遗传图谱和QTL位点为茶树功能基因鉴定、MAS育种和其他性状的QTL定位奠定了基础。筛选出来的八个核心SSR标记和构建的无性系品种DNA指纹图谱数据库为茶树品种鉴别提供了可靠的技术支持。