基因是一个复杂的生物学术语,其概念继承了自古希腊时期流传下来的遗传学思想,其含义随着近代遗传学的发展不断发生变化。即使到现在,由于生物学的各分支学科之间联系的松散性,各自的语境中对“基因”一词所呈现的含义也是不同的。而且随着“基因”一词逐渐进入人们的日常语言,“基因”也已从单纯的科学术语转变为人们进行形而上学思考时所使用的哲学术语。由于“基因”一词的这种泛用性,任何公共领域的相关讨论都无法避免使用这样一个复杂的术语,这也就造成了讨论与达成共识的困难。从语用学上看,基因在生物学中主要根据生物学分支学科的背景不同,在因果解释,功能解释,发生学解释三种科学解释语境中被使用,而不同的解释模式下的基因都体现出不同层面的本质主义认识方法。这种本质主义认知倾向会影响关于基因认识论和本体论地位的观点,导致过分关注基因的决定性作用,从而造成科学认识上的误解与偏见,甚至赋予基因神圣的地位,并最终会影响有关基因与遗传的伦理问题的判断,如基因的道德地位,人的尊严、基因权属问题等。对这些问题的回答最终需要对基因概念的复杂性和基因多效性的理性认知以及了解生物的进化与发育机制本身的复杂性和不确定性作为前提。