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反转录转座子广泛存在于果树基因组中，可以通过改变等位基因或调控基因表达以改变园艺学性状(成熟期和果皮色泽)。体细胞突变是柑橘等果树比较常见的生物学现象，不仅能为研究柑橘芽变形成，而且还对研究柑橘反转录转座子提供素材。本研究从copia-like反转录转座子的反转录酶入手，系统研究柑橘基因组中这类反转录转座子的组成、变异和演化模式；在柑橘愈伤组织离体保存过程中及秋水仙素处理诱发四倍体的逆境条件下，分析gyspsy-like反转录转座子pol结构域的甲基化变异情况；同时对实验技术体系进行了完善与拓展，自主开发了柑橘反转录转座子IRAP、REMAP和SSAP标记。主要研究结果如下：1、柑橘基因组中copia-like反转录转座子的研究1)利用copia-like反转录转座子反转录酶的保守位点设计引物，从三个柑橘基因组红肉脐橙、沙田柚和默科特橘橙中扩增得到长度为240bp左右的PCR产物。对扩增产物进行分离和克隆，并随机挑选了70个克隆进行测序，结果得到了40个不同的反转录酶(RT)序列。Blast X分析表明，这些克隆均为真实的反转录酶序列。这些核苷酸序列组内和组间均具有较大的差异，说明其核酸序列的高度异质性。这些序列中有16个是完整的，其余的有移码突变、终止子或二者兼有，可能是产生反转录酶异质性的原因。根据序列比对，这些序列可分为7个家族。2) Southern杂交表明，copia-like反转录转座子(探针Tcc10)在柑橘基因组中为多拷贝。甲基化分析表明RT序列在柑橘中被高度甲基化。3)点杂交对不同柑橘基因组中copia-like反转录转座子拷贝数进行了分析。结果表明：copia-like反转录转座子(Tcc10)占柑橘基因组9％左右，而且柚(沙田柚)基因组中反转录转座子拷贝数低于橘(本地广橘)和橙(红肉脐橙)。2、RAPD分析秋水仙素处理的默科特橘橙四倍体愈伤，得到了1个可能发生DNA脱甲基化的位点，该位点与gyspsy-like反转录转座子有关(命名为Mckre)。结果表明：Mckre编码gyspsy-like反转录转座子pol结构域中232个氨基酸，包含了反转录酶活性氨基酸位点DD和高度保守的氨基酸序列SKCEF，及反转录酶下游的40个氨基酸。Southern杂交表明，Mckr在柑橘基因组中为多拷贝。采用MspⅠ／HpaⅡ酶切组合结合Southern杂交发现，三个月愈伤组织培养的材料和用0.1％秋水仙素处理48小时及72小时的愈伤材料基因组发生了DNA脱甲基化；而且变异主要发生在gyspsy-like反转录转座子(Mckre)序列中，在同时检测的对照copia-like反转录转座(Tcc10)和色素基因(Lcyb)序列中没有发现甲基化变异。3、根据已发表的柑橘反转录转座子右侧LTR序列，使用Primer 5.0软件设计7条IRAP引物，结合SSR引物8条，从中筛选出谱带清晰、再现性强的引物组合对柑橘属植物的亲缘关系进行IRAP和REMAP分析。本试验共扩增出196条带，其中多态性位点147条，多态位点百分率为75％，扩增片段大小在200～2000bp之间。选用24份柑橘及近缘属材料进行扩增，检测到等位位点的数目为2-8个，平均位点数为3.54个，平均多态性信息量(PIC)值为0.537。供试材料的相似系数变化范围从0.19(本地广橘和HB柚)到0.99(华盛顿脐橙和红肉脐橙)，平均值0.59。聚类分析结果显示，24份材料聚为7类：橘和橙类、四季橘类、柚类、枸橼来檬类、宜昌橙类、金柑类、和枳类。4、应用RAPD、SSR、AFLP、SSAP、ISTR分子标记研究14个来自普通甜橙、脐橙和温州蜜柑芽变品种的多态性，AFLP、SSR和ISTR均没有鉴别出柑橘芽变品种之间的遗传差异；RAPD的检测效率也很低，50对引物中也只有一对显示红肉脐橙有一条带缺失。而SSAP中91个LTR／MseI引物对，有9对引物显示有多态性，结果表明SSAP技术能有效的鉴别柑橘的芽变品种。对SSAP分析得到的10个差异片段进行测序，序列分析表明，其主要与信号传导、抗逆性和核糖体蛋白有关，可能参与调节柑橘果实发育。