我国环境保护投资表现出总量不足与效率低下、结构不合理的双重困境,伴随着经济的快速增长,我国环境保护投资面临的困境将会更显突出。毫无疑问,环境保护投资数量的增长是必需的,但是仅仅依靠数量的扩张,而忽视环境保护投资的运行效率,反过来会加大环境的压力,而且由于我国处在现代化的高速发展期,经济社会各个方面对资金的需求量都非常大,资金的集约使用也是必须的,因此,对于环境保护资金投入运行效率的研究就非常重要。通过对我国环境保护投资现状的研究,发现:从环境保护投资总量来看,1991—2005年,环境保护投资额呈稳定上升趋势,而环境保护投资占GNP的比例呈曲线上升趋势。但是与部分发达国家相比,其占GNP的比重仍然偏小;从环境保护投资的结构来看,“三同时”资金占总投资的比例变化不大,老企业污染治理投资总量变化不大,占总投资的比例下降趋势明显。而城市基础设施中的环境保护投资无论是从投资总量还是从其所占总投资的比例来看,都有明显的增加,并且增加幅度较大;从环境保护投资的来源来看,主要有:建设项目“三同时”环境保护投资、排污收费投资、更新改造资金投资、城市建设环境保护投资等。通过对我国环境保护投资运行效率评价的实证研究,认为:我国环境保护投资运行效率低下。我国的实际情况和“环境保护投资优先增长模型”的理论结果是不相符的。增长速度几乎是GNP增长速度1.5倍的环境保护投资并没有控制我国污染物的排放量,从总体上看,我国的污染物排放量呈逐年上升趋势,且上升幅度幅度较大。造成这种结果的原因,主要就是我国环境保护投资的运行效率低下。虽然每年我国的环境保护投资是不断增加的,但是由于种种原因,使相对于其自身的高速增长,环境保护投资所取得的治污效果是相当差的。基于以上的分析,设计了我国环境保护投资运行效率提升的公共政策,主要有:监管政策、财政政策、产业政策、价格与税收政策、技术政策、投资政策、法律政策等。