当今市场经济环境下,企业之间的竞争已逐渐演化为供应链与供应链之间的竞争。同时,竞争环境的日益复杂以及企业可用资源的有限性等因素使得供应链中的企业势必要在创新方面开展更加广泛的协同,有效整合企业创新所需的各种资源和能力,从而实现协同创新。而要使供应链成员从整个供应链合作最优的角度决策,就必须对合作利润在各成员间进行合理分配,使成员各自利润都得到提高的同时又保证整个渠道总利润最大,这将对加深成员之间的合作关系、维持供应链稳定性具有重要的意义。本文选取具有典型意义的三级供应链作为研究对象,在考虑三方成员同时创新的基础上,运用博弈论及相关方法,建立了三级供应链合作利润分配模型,包括集中决策情况下的模型、分散决策情况下的模型(两种)、存在部分联盟情况下的模型(两种),并对这几种模型的决策变量及各方利润作比较;对三级供应链合作利润进行分配,在传统的三方同时分配的基础上提出了两步分配法,并确定了产品的中间转移价格;通过利用收入共享契约进行利润分配,讨论了收入共享契约与因子分配法的区别与联系;提出了构建第三方机构进行利润分配并探讨了利用第三方机构进行利润补偿机制、团体惩罚机制;研究了多次合作情况下的利润分配机制。本文的主要创新体现在:(1)模型建立方面:在分析供应链成员交易过程的基础上,还考虑了供应链成员的创新情况,即销售量的大小不仅取决于价格,还取决于成员的创新情况,即市场价格越低或成员创新能力越强,销售量越大;(2)利润分配方法方面:借鉴通信网络中的两种不同网络结构:集中式结构和分布式结构,提出了两步分配法:先是供应商与制造商和零售商组成的整体进行分配,然后制造商再与零售商进行二次分配。