在新的经济条件下，世界科技进步突飞猛进，赋予新世纪新的特征涵义。科学技术的应用成为社会发展影响因素中极为重要且富于活力的要素之一，如何推动高新技术的研究发展成为经济管理乃至社会科学研究的重要领域。同样，农业的发展维系经济命脉，农业高新技术企业的发展成为农业产业新的力量。因此在中央政府的大力倡导下，农业高新技术企业应充分把握政府的税收政策优惠，响应政府用科学促进农业发展的号召。总之，农业高新技术企业对于现行的农业科技税收优惠政策体系的深入把握以及应用，对于促进我国农业发展以及科学技术的普及应用具有深远的意义。从我国现有的研究资料来看，基本上都是以一般行业为研究对象，并且遵循传统的税务筹划方法以及税制规定，进行税务筹划业务的分析。而对于农业高新技术企业的税收筹划领域几乎没有专业的深入研究，并且没有结合新的经济环境以及法律法规政策指导。因此，需要用新的视角提高对农业高新技术企业行业的关注度。本文结合农业高新技术企业的特点，从财务管理视角出发，将税务筹划纳入财务管理活动当中，提高筹划效率。具体而言，首先分析了农业高新技术企业的行业特点以及税务筹划的目标、方法，将筹划范围按照税种特点分为典型流转税与所得税两大类型，分别来探讨各个税种下农业高新技术企业的税务筹划业务。其中，运用了税务筹划中平衡点法以及财务管理中现金流量法来进行决策，并结合案例分析法来进行具体实务的分析。其次，针对农业高新技术企业税务筹划风险的预警系统，建立了基于层次分析法的税务筹划方案决策指标。将风险与收益数量化，将各个影响因素进行权重因子分配，为选择科学而准确的筹划方案提供了决策方法。最后，针对税务筹划的风险控制从企业内部以及外部因素共同分析降低税务筹划风险的对策，为提高筹划效率提出建议。本文主要的创新性的研究成果在于结合农业高新技术企业特点提出企业税务筹划的重点税种，为企业税务筹划工作指出重点筹划领域；其次，针对税务筹划风险量化评估以及方案决策体系建立了科学的评价指标体系，更加具有科学性。