健全、有效的内部控制系统是企业生产经营活动赖以顺利进行的基础。国内企业对内部控制未给予足够的重视,内部控制系统不完善。如何设计出科学有效内部控制系统,以促进企业健康、快速和持续的发展,是一个刻不容缓的问题。本文采用规范研究的方法,以系统论、控制论和委托代理理论为理论基础,分析我国内部控制系统的实施处于初级阶段的现状及原因,并在详细分析内部控制系统目标和内容的基础上阐明内部控制系统设计的原则、步骤及实施途径。内部控制系统是经济管理系统,它的设计应该有科学的理论依据,应该使其作为先进的管理方法融入企业的生产经营活动中。然而,由于我国内部控制系统的执行者内控意识薄弱、素质不高和内部控制机制缺失等原因造成了企业内部控制系统本身不健全、系统执行不力等问题,内部控制系统在实施过程中没有发挥应有的效果。作为一种经济管理控制系统,我们应该从企业自身的角度出发,立足于内部控制的本质来定位内部控制目标。内部控制系统应该确保企业系统整体有效,其目标应该转化为企业的目标,内部控制系统的内容应该涉及企业经营活动的全部内容。从纵向层级结构看,内部控制系统内容可分为内部治理控制、管理控制和作业控制;从控制程序的横向共性上看,该内容可分为目标设定、风险识别和评估、控制活动、信息沟通和监控等要素。因而内部控制系统的设计应遵循系统整体、目标导向、成本效益等原则,按设立目标、评估风险、确定控制措施等步骤依次进行。内部治理控制是内部控制系统的第一个层次,旨在保证公平和效率;管理控制是内部控制系统的第二个层次,旨在保证企业经营的效率和效果;作业控制是内部控制的第三个层次,旨在保证财产物资的安全完整、保证作业效率。如果内部控制系统有效,则三层次的控制必须同时有效。另外,控制环境的优劣也直接影响企业内部控制系统的建立和实施的效果。因此,良好的内部控制环境、完善的公司治理机制、科学的管理控制过程和有效作业控制措施是内部控制系统有效实施的途径。