高技术产业是我国的支柱产业，而生物医药产业作为生物产业的一个分支也是高技术产业中的一类。在我国生物产业被列为七大战略性新兴产业之后，生物医药产业也迎来了新的发展机遇，产业自主创新能力也在不断提高。但是目前我国生物医药产业及其自主创新能力还存在一些不足，各地发展状况存在差异。因此，对我国各地区生物医药产业自主创新情况进行深入的分析，并研究提升自主创新能力的策略，具有重要的现实意义。本文首先对生物医药产业及其特点进行分析，其次对自主创新能力进行简要描述。接下来对我国生物医药产业的现状及自主创新能力进行分析，进而对生物医药产业自主创新能力的因素进行研究。在实证分析部分，本文在对自主创新能力影响因素的研究基础上，从自主创新资源投入、创新转化、创新产出及环境支撑四个方面构建了我国生物医药产业自主创新能力评价指标体系。以我国31个地区为研究对象，采用因子分析法确定具有较大影响力的因子，并利用因子综合得分的结果对我国各地区生物医药产业自主创新能力进行排序。实证分析结果表明：生物医药产业自主创新能力较强的是苏州、浙江、广东、上海、山东、天津、北京等地，且目前也存在产业发展不平衡现象。最后根据我国生物医药产业现状分析和实证分析的结果，揭示了我国生物医药产业的不足之处，并针对性地研究提出提高我国生物医药产业自主创新能力的对策建议。