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水溞,隶属于节肢动物门(Arthropoda),甲壳纲(Crustacea),鳃足亚纲(Babchiopoda),枝角目(Cladocera),溞科(Daphniidae),溞属(Daphnia),是组成微甲壳类浮游动物的一类重要的单系种群,广泛分布于淡水、海水和内陆半咸水中。目前,我国现存溞属动物10余种。其中,大型溞(Daphnia magna)、拟同形溞(Daphnia similoides)和蚤状溞(Daphnia pulex)现已成为形态学、种群生态学、种群遗传学和环境毒理学等各方面研究较为理想的模式生物。但是,早期的形态学分类鉴定标准比较含糊,溞属动物分类中对其命名有歧义。本研究采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)和普通PCR的方法获得了大型溞、蚤状溞的线粒体基因组全序列和拟同形溞的D-loop区序列,并分析它们的碱基组成和结构特点,为溞属动物的分子生物学研究提供相应的数据支持。研究结果如下:(1)采自淮河的大型溞和采自巢湖的蚤状溞线粒体基因组全序列长度分别为14 948 bp,15 306 bp。它们均包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个rRNA基因,22个tRNA基因和一个A+T丰富区。所有基因的排列顺序和结构特点与大部分节肢动物相似。(2)在碱基组成上,大型溞和蚤状溞各基因的组成(A+T)%含量分别大于65.00%和60.00%,均表现出明显的AT偏好性。(3)除了A+T丰富区外,这两种溞均有不同长度的基因间隔和基因重叠区。基因间存在的这些微小的间隔和重叠区说明了线粒体基因排列的紧凑性。(4)13个蛋白质编码基因,在起始密码子的使用方面,这两种溞的ND2、COⅡ、ATPase6、COⅢ、Cytb和ND1基因以ATG作为起始密码子;ATPase8基因以GTG作为起始密码子;大型溞、蚤状溞的COⅠ基因的起始密码子分别为CTA、ATA;ND3基因的起始密码子分别为ATG、ATC;ND5基因的起始密码子分别为ATG、GTG;ND4L基因的起始密码子分别为ATG、GCT;ND6基因的起始密码子分别为ATT、ATC。在终止密码子使用方面,这两种溞的ND2、ATPase8、ATPase6、COⅢ、ND3、ND4L、ND6、Cytb和ND1基因均使用TAG或者TAA作为终止密码子;其余的四个蛋白质编码基因(COⅠ、COⅡ、ND5和ND4)均使用不完整的终止密码子T。(5)分别预测了大型溞和蚤状溞的22个t RNA基因二级结构,除t RNASer(GCU)缺失二氢尿嘧啶臂(DHU臂)外,其余的均形成典型的三叶草结构。在大型溞的17个tRNA基因中发现了27对碱基错配,19对G·U,7对U·G,1对C·U。在蚤状溞的16个tRNA基因中发现了32对碱基错配,15对G·U,13对U·G,2对U·U,1对A·A和1对U·C。本研究为溞属动物系统进化、形态学、种群生态学和遗传学等研究提供了参考资料。