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肉苁蓉是一种非光合作用的寄生植物,主要分布于我国西北荒漠地区。肉苁蓉的干燥肉质茎是我国传统的名贵中药材,具有广泛的药用价值,如增强性功能、提高免疫力等。但目前肉苁蓉的转录组与基因组数据还很匮乏。在本研究中,我们对肉苁蓉肉质茎进行了全转录组深度测序,共获得80M末端配对序列。使用Trinity软件进行转录本从头拼接,获得95,787个转录本,长度从200bp到15,698bp不等,平均长度为950bp。在63,957个表达转录本(FPKM≥0.5)中,30,098个转录本可以通过与公共数据库(Uniprot、 Genbank nt/nr、KEG G)比较获得基因的功能注释信息。通过与KEGG数据库比较,我们注释到了参与木质素生物合成途径的所有酶。苯丙氨酸氨基裂解酶(PAL)是木质素与苯乙醇苷(PhGs)生物合成的第一个关键酶,根据序列相似性比较与系统发生分析,鉴定出了肉苁蓉的至少4个PAL基因。PhGs是肉苁蓉的主要药用成分,根据转录本表达信息,我们首次推测出了肉苁蓉PhGs的两个可能的生物合成途径。为了进一步研究不同种质肉苁蓉肉质茎药用成分与基因表达的差异,我们采集了多个不同种质的肉苁蓉肉质茎进行药化测定与转录组测序。不同样本的长度与直径差别较大；左旗三个样本在重量方面差别不大,但右旗的三个样本差异较大。采用HPLC测定各样本的毛蕊花糖苷、松果菊苷与总苷,右旗样本的PhGs含量普遍高于左旗样本。同时,对六个样本分别进行全转录组深度测序,将数据混合起来用Trini ty软件进行拼接,共获得337,132个转录本,平均长度为1,125bp。在156,877个活跃表达的转录本(FPKM≥0.5)中,72,186个转录本可以通过与Genbank nt/nr数据库比较获得基因功能的注释信息。通过样本之间表达转录本的比较分析发现,样本间共表达的转录本要远多于样本特异表达的转录本。两两样本间的差异表达转录本分析结果表明：右旗样本间的表达差异要小于左旗样本间。根据差异表达转录本的聚类结果,共筛选出10个明显与主要药用成分协同变化的分子标记。此外,我们也进行了转录本的SSR分子标签的分析,1/3的转录本含有SSR,大多数SSR是单核昔酸重复序列。基于转录组数据,我们同时构建了一个公共数据库CISTANCHE DESERTICOLA Genome Databas e。本研究有助于在分子水平理解肉苁蓉的生理过程与药用价值,也有可能用于肉苁蓉品质鉴定与栽培种的选择。