“农村三级卫生服务网”“合作医疗”和“乡村医生”曾经是中国为解决农民健康保障问题而做出的伟大创举,为世界所瞩目。但随着农村实行联产责任制后的集体经济解体,城乡二元结构性矛盾的日益突出,城乡差距进一步拉大,农民健康保障面临严峻的挑战,一些地区三级网解体,合作医疗几起几落,原本保障水平就不高的合作医疗跌入谷底。新型农村合作医疗制度是新形势下党中央、国务院为切实解决农业、农村、农民问题,统筹城乡、区域,经济社会协调发展的重大举措,对于提高农民健康保障水平,减轻医疗负担,解决因病致贫、因病返贫问题具有重要作用。新型农村合作医疗制度作为一种制度变迁的结果,目前还没有成熟的经验和模式可以借鉴,它需要各地因地制宜在实践中不断完善和探索。甘肃省作为西部经济欠发达地区,自2003年参加新型农村合作医疗制度试点以来,经过短短几年的试点推广,相关机制已初步建立,且“因病致贫、因病返贫”的现象得到了缓解,截至2008年甘肃省提前实现了新型农村合作医疗制度的全省覆盖的目标,这有其自身发展的特点,主要体现在政府明确责任,各级部门全力配合因地制宜建立甘肃省新型农村合作医疗制度,逐步完善相关配套政策体系,并在解决外出务工人员的医疗保障方面取得了极大的突破。本文采用数据分析和案例说明相结合的方法,通过对甘肃省新型农村合作医疗制度运行情况、管理模式、运行机制等方面进行分析整理,指出了甘肃省新型农村合作医疗制度在试点过程中存在的问题,主要表现在以下几点:对新型合作医疗制度的认知水平不同导致逆向选择;合作基金的筹集不科学且缺乏积累;补偿率低,受益面窄,保障水平不高;组织、管理和监督机制不健全。新型农村合作医疗制度是一个系统工程,需要处理好各环节之间的相互关系,所以文章第四部分主要从建立稳定的筹资机制;因地制宜构建合理的补偿机制;逐步建立健全监督、管理机制等方面对完善甘肃省新型农村合作医疗运行机制进行分析。最后,在基于甘肃省农民收入低下,贫困人口基数较大以及农村外出务工人员逐年增加等省情的前提下对甘肃省新型农村合作医疗制度的可持续发展进行了展望,主要从增加农民收入提高农民参合积极性;加快法制体系建设切实解决农民工的医保问题;贫困地区探索建立新型农村合作医疗协会;引入商业保险推行新农合市场化运作;逐步完善以救助贫困人口为主的农村医疗救助制度的建设以及充分发挥中医药在新农合中的作用等几个方面提出了一些相关的政策措施,希望通过此研究能够为其他经济发展相类似地区新型农村合作医疗制度的研究提供一些有参考价值的资料。