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本试验以崇仁麻鸡、余干黑鸡、海蓝褐蛋鸡、绿壳蛋鸡、宁都三黄鸡、安义瓦灰鸡和泰和乌骨鸡各50羽作为试验材料，根据已公布鸡的apoA-Ⅰ、apoB基因序列设计引物，利用PCR-DNA直接测序技术检测apoA-Ⅰ、apoB基因SNPs和基因型分析，探讨apoA-Ⅰ、apoB基因的多态性及其与脂肪代谢的关系。结果如下: 1、在apoA-Ⅰ基因序列起始密码子ATG上游163bp处存在一个A/T突变，该突变产生AA、AB、BB基因型。基因型分析结果表明，余干黑鸡以AB基因型为主导基因型，绿壳蛋鸡、安义瓦灰鸡和宁都三黄鸡以BB基因型为主导基因型;余干黑鸡和泰和乌骨鸡以A基因为主要等位基因，绿壳蛋鸡、安义瓦灰鸡和宁都三黄鸡以B基因为主要等位基因;不同品种鸡apoA-Ⅰ基因的突变位点为中度多态位点。 2、在apoB基因序列的第26个外显子123bp处产生T/G突变，并产生TT、TG、GG基因型。其中崇仁麻鸡和泰和乌骨鸡以TT基因型为主导基因型，余干黑鸡、绿壳蛋鸡、安义瓦灰鸡和宁都三黄鸡的TG基因型为主导基因型;不同品种鸡均以T基因为主要等位基因;不同品种鸡apoA-B基因的突变位点为中度多态位点。 3、关联性研究表明含有B等位基因的崇仁麻鸡和余干黑鸡的肝脂率、腹脂重、腹脂比率显著高于海蓝褐蛋鸡，且差异显著(P＜0.05)，初步推断B等位基因与崇仁麻鸡和余干黑鸡的肝脂率和腹脂重有一定相关性;含有G等位基因的余干黑鸡的腹脂重、腹脂比率显著低于崇仁麻鸡的腹脂重、腹脂比率，且差异显著(P＜0.05)，说明G等位基因与崇仁麻鸡和余干黑鸡的腹脂重和腹脂比率有一定相关性。 综合上述研究结果，初步推断apoA-Ⅰ基因和apoB基因与崇仁麻鸡和余干黑鸡的脂肪代谢具有显著相关性;并可应用于鸡脂肪性状的分子标记辅助选择育种方案中。