大白菜紫红色基因定位和候选基因分析

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紫红色大白菜(Brassica rapa L. ssp. pekinensis)中由于含有大量花青素苷(Anthocyanin)而呈现紫红色。花青素苷不仅赋予植物多彩的颜色,而且还具有重要的保健功能。大白菜花青素苷含量和成分的分析及紫红色性状基因的定位、候选基因的筛选研究,对大白菜叶色高效分子育种和探索花青素合成机制具有特殊重要意义。本研究用红叶芥菜与大白菜种间杂交获得的紫红色结球大白菜为实验材料对花青素苷的含量和成分测定,对紫红色性状基因进行连锁标记筛选、定位、候选基因筛选和转录组测序分析的研究,获得了以下研究成果:1.以紫红色大白菜自交系B90335-5和绿色自交系H165A为亲本,构建F2群体A12608,群体中只有2种叶色分离,即紫红色和绿色。F1共20株,19株紫红色,1株绿色;F2群体共288株,其中紫红色113株,绿色175株。因此紫红色性状遗传不符合孟德尔遗传规律。2.利用高效液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)检测紫红色大白菜、红叶芥菜、红菜薹、紫色白菜和紫色结球甘蓝的花青素苷的含量和成分,结果是紫红色大白菜花青素苷总含量为604.03μg·g-1,鉴定出了20种花青素苷组分,其中矢车菊素苷17种,占花青素苷总含量的99.35%,飞燕草素苷2种占总花青素苷含量的0.59%,矮牵牛素苷1种,占花青素苷总含量的0.06%。紫色大白菜中含有特有2种的矢车菊素苷和1种矮牵牛素苷。3.利用混合群体分组分析法(BSA),在紫色基因池和绿色基因池间进行SSR和Indel标记筛选。找到9对连锁的Indel标记并构建连锁图谱,这些连锁标记位于大白菜A02染色体上,因此初步将紫色基因定位在大白菜A02染色体上,命名为Anm。该图谱覆盖基因组长度3.8cM,标记BrID10199、BrID11739、BrID101125位于Anm基因的一侧,与Anm基因的遗传距离分别为2.4cM、0.9cM、0.4cM,标记BrID111333、BrID10207、BrID11737、BrID11893、BrID101151位于Anm基因的另一侧,与Anm基因的遗传距离分别为1.5cM、1.3cM、0.7cM、0.6cM、0.1cM,标记BrID11131与Anm基因共分离。4.通过白菜基因组信息可以确定这9个连锁标记所在Scaffold,及确定A02上与拟南芥花青素合成相关基因的同源基因所在的Scaffold,通过分析二者在A02上Scaffold的物理位置,推测控制紫红色性状基因在Scaffold063至Scaffold007之间,这个区间共有7个同源基因,即Bra023441、Bra023594、Bra007957、Bra023602、Bra028793、Bra022700、Bra039763。5.对2株紫红色和2株绿色大白菜进行转录组测序,对白菜中与拟南芥花青素合成相关基因的同源基因进行表达量差异分析,找到了36个表达量上调的同源基因,其中位于A02染色体上的同源基因有6个,即Bra023441、Bra023594、Bra007957、Bra023602、Bra020688、Bra039763。6.利用荧光定量RT-PCR技术对在A02染色体上与花青素合成相关基因的同源基因分析,白菜基因Bra023441、Bra023594、Bra007957、Bra023602、Bra020688、Bra0202700和Bra032010在紫红色大白菜中的表达量高于在绿色大白菜中的表达量,推测这7个基因为可能的候选基因。7.综上所述,筛选出大白菜紫红色性状基因的候选基因4个,即Bra023441、Bra023594、Bra007957、Bra023602。
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