玉米胚乳是营养物质积累和贮藏的场所,占籽粒重量的80％以上,前人对于胚乳发育的研究多从形态学、生理生化,及Cdna水平上进行分析:在胚乳发育过程中关键酶活性与淀粉产量及品质的变化关系,蛋白表达及物质合成规律等方面己取得不错进展。但是,玉米胚乳发育是个相当复杂的生理生化过程,涉及众多基因的时空表达和多个代谢途径的启动,目前对于胚乳发育过程中的分子机制的认识还十分有限。microRNA是对基因进行精细调控必不可少的手段,处于基因表达调控的中心位置,在玉米发育过程中发挥着重要作用,也越来于成为基因表达调控研究的热点,因此了解胚乳发育过程中microRNA表达变化及调控规律对于探究胚乳发育过程分子作用机制具有重要意义。虽然现在通过实验方法、计算机预测以及深度测序等途径在玉米中发现了大量microRNA,但还远没有达到饱和。以发育中的胚乳为研究对象,挖掘发育过程中起关键调控作用的microRNA,对这些microRNA进行功能分析,并以此来揭示胚乳发育过程分子调控机制的也鲜有报道。本研究为挖掘出于胚乳发育相关的microRNA,利用solexa测序技术,对玉米自交系08—641胚乳发育两个关键时期的小分子RNA文库做差异表达分析,并对已知的和新miRNA及其靶基因进行预测分析,结果如下:　　 1.通过solexa技术对胚乳发育两个关键时期小分子RNA文库分别测序,共得到34154000条高质量reads,序列长度主要分布在21-24 nt之间,其中24nt的序列为主要类型。　　 2.与玉米基因组数据库及Rfam进行比对,排除能完全匹配的序列,在两样品中共发现了31913304条小分子RNA,将其与玉米mirbase数据库进一步比对,筛选出124条保守miRNA和89条新miRNA。这124条保守miRNA分属于27个保守家族,最低折叠自由能都低于-20,约89％的成熟miRNA都以U开头,几乎在基因组各条染色体上都有分布。　　 3.靶基因预测结果表明,这27个保守家族作用的靶基因可能作用于籽粒发育各个过程包括转录调控、物质能量代谢、电子传递、抗逆胁迫响应和信号转导、组成蛋白等。　　 4.推测这新发现的89条miRNA主要作用于磷酸果糖激酶、甘油醛磷酸脱氢酶、F-box蛋白、TCP-domain蛋白、SBP-domain蛋白、SPL转录因子、锌/铁转运蛋白、细胞周期蛋白、纤维素合酶、核糖核蛋白复合体等与糖、脂、蛋白等代谢过程中相关的酶类和转录因子,进而影响胚乳发育过程。