近年来，随着我国高等教育事业的迅猛发展，我国正在不断加大对高等学校的财政资金投入，高校财政支出项目资金的数额也因此不断增加。高校财政支出项目绩效评价是保证合理运用这些专项资金，并对其进行优化配置，从而保障高校教育目标实现的重要管理方式及有效途径。而高校财政支出项目绩效评价方法的确定是正确衡量高等学校绩效大小的重要基础。因此，在现阶段以专家评价法为主的高校财政支出项目绩效评价工作中，除了对现行绩效评价方法不断完善外，仍需不断探索和完善更为适合高校财政支出项目绩效评价的方法。　　本文在实证分析的基础上加入规范分析的方法，即从现实出发，以高校的实际工作为具体研究对象，分析高校资金和高校财政支出项目资金的特点。之后，本文结合北京市属高校财政支出项目绩效评价的现状进行分析，指出北京市属高校现行财政支出项目绩效评价方法的不足，这些不足主要集中于现行绩效评价方法理论性和系统性的不完善以及专家打分的主观性较强等方面。针对这些问题，本文在系统分析思想下，通过运用系统评价方法对高校现行财政支出项目绩效评价方法进行了改进设计分析。同时指出系统评价方法中的层次分析法对理清高校财政支出项目绩效评价的思路，提高评价结果的客观性及准确度，以及完善高校财政支出项目绩效评价指标体系都具有较强的借鉴意义。最后通过利用北京市属某高校的实训基地建设项目的具体数据，运用层次分析法为主要评价方法，在指标权重的确定方法上选择连环比较法，并通过线性加权型评价函数计算汇总后，得出评价结果，并将该结果与现行绩效评价方法所得出的评价结果进行比较。通过两种方法的评价结果比较，得到如下结论:在高校财政支出项目绩效评价工作的具体实施中，运用系统评价方法中的层次分析法作为主要评价方法，所得出的评价结果较专家评价法更为科学与客观。