面对日新月异的科学技术变革，只有提升自主创新能力才能面对和适应以创新和技术升级为主的激烈国际竞争环境。由《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020)》指出：要把提高自主创新力作为国家战略,贯彻到现代化建设的各个方面。因此提升自主创新能力是引导我国经济发展的重要任务，也是加快转变经济增长方式、产业结构升级、增强综合国力的迫切需要。自主创新能力也将日益成为学术界和产业界研究的重点。近几年新疆资本市场经过了一个曲折的发展过程，新疆资本市场经历了创新发展、重新洗牌的过程。随着新疆上市公司质量的稳步提升，目前新疆上市公司对我区带动就业和拉动经济增长起到了重要的作用。但与国内发达省份相比新疆上市公司对新疆国民经济的带动作用依然有限，并仍然存在许多问题亟需解决。因此，目前摆在我们面前的主要任务是，积极引导促进新疆上市公司做好主业，创新发展，增强核心竞争力和盈利能力。本文的自主创新主要指的是技术创新，它具有鲜明的自主性、市场性、科技与经济的融合性等特征。本文首先在对国内外学者的研究成果进行分析与总结的基础上，全面分析了企业自主创新能力的构成指标及影响因素，阐述了提升自主创新能力的依据，利用利用现有的数据和资料，结合新疆上市公司自主创新能力的现状分析构建了自主创新能力的评价指标体系，再通过主因子分析法和灰色关联度对新疆上市公司自主创新能力的评价指标经过横向和纵向的比较，得出新疆上市公司在自主创新能力方面的不足。最后针对这些不足的方面提出如何加强这些薄弱点进一步提升新疆上市公司自主创新能力的对策建议。