长链非编码RNA在糖尿病足溃疡发病机制中的表达模式综合分析

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目的:糖尿病足溃疡(Diabetic foot ulcer)是一种严重的糖尿病并发症。尽管人们对其病理生理学以及细胞和分子层面的认识不断加深,但临床上仍缺乏有效的治疗方法,本研究旨在基于生物信息学分析方法,筛选糖尿病足溃疡差异表达基因,构建lncRNA轴竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,探究糖尿病足溃疡相关分子机制并筛选潜在诊治靶点。方法:从GEO数据库中获取糖尿病足溃疡RNA-seq测序数据,利用R语言limma包进行基因差异表达分析,筛选出差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,采用Metascape数据库对差异表达的mRNA进行GO和KEGG富集分析。通过TRRUST转录因子数据库预测可能调控差异lncRNA的转录因子。使用多个在线数据库预测相关miRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果:差异表达分析得到显著差异的IncRNA 212个;mRNA 534个。富集分析结果显示差异基因主要富集于受体配体结合、钙离子相关蛋白结合和酶激活等生物学过程。顺式调控基因分析显示染色体上有7组lncRNA与mRNA共表达。反式分析表明,共有15个转录因子通过1132个TF-lncRNA关系对调控lncRNA和mRNA的表达。并成功构建糖尿病足溃疡相关的9条ceRNA调控网络,其中,LINC00424作为核心lncRNA参与6条。结论:本研究通过生物信息学网络分析,构建糖尿病足溃疡lncRNA轴ceRNA调控网络,为进一步研究糖尿病足溃疡发病机制及筛选新的诊治标志物提供重要依据。其中的节点有可能成为新的候选诊断标志物或潜在的治疗靶点。
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