目的了解变形杆菌耐药现状,以期指导临床合理使用抗生素,了解中国变形杆菌携带整合性接合元件SXT/R391的序列特征。方法(1)采用微量肉汤稀释法检测分离自院内感染、粪便和食品总共249株变形杆菌对临床常用抗生素的最小抑菌浓度,根据美国临床和实验室标准协会(CLSI)制定的标准,统计药敏结果。(2)用PCR方法检测来源于粪便和食品的共123株变形杆菌的SXT/R391特异整合酶基因int,提取阳性菌株的基因组DNA,进行第二代基因组测序(NGS)。然后从基因组序列中,根据参考序列,提取研究对象菌株中的SXT/R391序列,拼接组装。基于全序列进行结构和功能的分析。(3)用微量肉汤稀释法对SXT/R391阳性菌株进行药敏试验。构建双抗性筛选系统,进行接合试验并计算转移频率。结果所有变形杆菌对某些抗生素耐药明显,奇异变形杆菌对复方新诺明的耐药率达到47.9%,其次为氨苄西林(45.2%)、头孢唑啉(44.7%)和环丙沙星(35.6%)。普通变形杆菌对检测的抗生素的耐药率均不超过20%。两种变形杆菌对哌拉西林-他唑巴坦的耐药率最低。奇异变形杆菌对头孢吡肟、头孢替坦、阿米卡星、庆大霉素、复方新诺明和环丙沙星的耐药率高于普通变形杆菌。奇异变形杆菌院内感染来源的菌株耐药率高于食品来源和粪便来源菌株的耐药率。普通变形杆菌的来源不同,耐药率差异不大。在全部奇异变形杆菌耐药菌株中,有67株(35.6%)耐3类以上抗生素。在123株来自食品和腹泻病人粪便标本的菌株中,有15株(12.2%)为整合性接合元件SXT/R391阳性,包括2株食品来源和13株腹泻患者粪便标本来源。从测序的基因组序列中提取SXT/R391序列,15个SXT/R391序列分别与来自单胞菌(Alteromonas macleodii),霍乱弧菌(Vibriocholerae),变形杆菌(Proteus mirabilis)和普罗维登斯菌(Providenciastuartii)等来源的SXT/R391有最高的相似性匹配,序列的搜索覆盖率(Query cover)范围64%-99%,一致性(Ident)范围97%-100%。其中分别有9个和2个SXT/R391,与来自变形杆菌和霍乱弧菌的SXT/R391有最高的相似性匹配。在进化上,15个SXT/R391归类在6个不同的簇中,ICEPmiChn1是优势型别,另有5个ICE是本研究中新发现的型别。另外,15个SXT/R391序列的基因功能注释及结构分析结果表明,元件不仅包含SXT/R391的保守基因,在外源DNA插入区域的热点区及变异区发现了独特的编码耐药、限制性修饰系统和重金属离子汞的基因,以及功能未知的基因,在VRⅢ还发现了一个编码β-内酰胺酶的基因。15株SXT/R391阳性菌株都为多重耐药菌。最后,接合实验发现,本研究的SXT/R391在大肠杆菌中的转移频率范围3.5 ×110-6-2.5×10-2。结论我们的研究结果表明,变形杆菌对某些临床常见抗生素已产生较高的耐药性,并且多重耐药现象普遍。与耐药相关的SXT/R391元件,在变形杆菌和其他肠杆菌科细菌之间广泛传播和相互传递,同时又赋予了变形杆菌新功能如耐药性等,以增强细菌的环境适应性。因此,需要加强变形杆菌耐药性和耐药相关移动元件的连续性监测。目的本研究收集了 187株气单胞菌,使用rpoD和gyrA基因对气单胞菌进行种水平的鉴定,比较两者分类结果的差异,探讨gyrA单基因用于对气单胞菌鉴定是否有效。同时对本研究中187株气单胞菌进行较为准确的种水平的分类。方法对经生化(AP120E)鉴定的187株气单胞菌,采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)对rpoD和gyrA的基因片段进行扩增。将所有序列与26条种特异的参考序列一起,采用邻近比邻法(Neighbor-Joing)构建系统进化树。结果187株菌经rpoD基因鉴定为7个种,经gyrA基因鉴定为9个种,还有一个未定种。两者鉴定最多的三个种一致,即维氏气单胞菌温和生物变种,豚鼠气单胞菌和水族馆气单胞菌。gyrA基因鉴定增加的两个种是异嗜糖气单胞菌和简氏气单胞菌。rpoD和gyrA基因对气单胞菌鉴定一致的有174株(93%),但有13株菌(7%)两者鉴定不一致。生化鉴定的豚鼠气单胞菌(28株)和维氏气单胞菌温和生物变种(64株),与rpoD和gyrA基因鉴定的一致性较高,介于68.8%和85.7%之间。生化鉴定为嗜水气单胞菌的95株菌株中,经rpoD和gyrA基因鉴定,分别只有9.5%和6.3%。结论rpoD和gyrA基因能够对大部分气单胞菌进行准确和一致地分类,对于两者鉴定不一致的菌株,应增加管家基因进行分析。