我国水资源并不丰富,且时空分布不均,水资源短缺问题已经成为制约中国国民经济发展的最大瓶颈,是威胁我国21世纪经济社会可持续发展的首要问题。根据水资源具有流动性等特点,跨区域合作不仅可以缓解缺水地区的用水需求,也可以通过地区间的合作将水资源的产生的外部性内部化,减少水环境问题。本文以水权理论作为理论基础,对我国现有的水管理体制进行剖析,研究表明我国的水资源跨区域合作长期处于政府的行政指令下,缺少市场机制的参与,行政命令式的跨区域合作虽然也能够改变水资源的配置,但是实践证明过多的行政干预在资源配置上不如市场机制有效。随着水资源的稀缺性的增加,要求市场机制配置水资源的需求也越来越大,因此跨区域合作中需要引入水市场机制、转变政府职能,建立水资源利用的“问责制度”。本文还对市场机制、政府干预两种方式的优劣性进行了比较,发现当两种方式独自发挥作用时,都无法避免失灵现象的产生。这是由于水资源同时具备私人属性和公共属性所造成的。正是因为水资源具备了这种特殊性,也就导致了无论市场机制还是政府干预单独配置水资源时,受其自身缺陷所限制,无法实现资源的最优化。因此本人认为应该建立一种市场机制+政府干预的合作机制,通过两种方式的互相磨合和互相补充,消除制度本身的缺陷,从而实现资源优化、生态平衡的目标。