长非编码RNA SBF2-AS1促进非小细胞肺癌恶性进展功能和机制研究

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背景:在世界范围内肺癌逐渐成为人类死亡最主要的原因。肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)的发病率已超过鳞癌(Lung squamous cell carcinoma,LSCC)并逐年增高,目前在肺癌所有病理类型中占70%,在亚洲这种趋势更加明显。积极筛选LUAD特异性的新型治疗靶点是当前肺癌领域关注的热点。当前,转录组学成为肿瘤领域研究热点。人类转录组产物超过75%为大于200nt的长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA),近5年来不断有lnc RNA调控肿瘤发生、增殖侵袭、转移的重磅研究论文发表。因此从lnc RNA角度进一步挖掘肺腺癌新型分子靶标,将有助于揭示肺腺癌发生发展新机制,并为临床诊疗提供新思路。方法:通过对肿瘤基因库(TCGA)中肺腺癌相关转录本和基因表达数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选获得lnc RNA SBF2-AS1在早期肺腺癌中明显高表达,提示该长链非编码RNA可能与早期肺腺癌恶性进展密切相关。我们进一步在TCGA数据中验证lnc RNA SBF2-AS1的临床表达特征及其与预后的相关性。结合细胞增殖、周期实验,构建裸鼠皮下荷瘤模型以及人来源肿瘤异体移植(PDTX)模型,体内外研究lnc RNA SBF2-AS1可能的生物学功能。通过RNA免疫共沉淀(RIP)、生物素标记的RNA pull down(biotin-pull down)、双荧光素酶报告基因等技术探索lnc RNA SBF2-AS1发挥生物学功能的分子机制。结果:1通过TCGA中的肺腺癌转录本分析和基因表达数据进行WGCNA分析发现五个与早期肺腺癌相关的lnc RNA,只有SBF2-AS1在肺腺癌中表达上调,在早期肺腺癌中更加显著,但在肺鳞癌中表达水平变化不明显。2 lnc RNA SBF2-AS1与LUAD预后密切相关:通过对肺癌样本基因富集分析发现SBF2-AS1与预后呈明显负相关。进一步利用在线1145例肺癌患者的芯片数据进行分析发现,SBF2-AS1与肺腺癌呈明显负相关,肺鳞癌关系不明显,在早期肺腺癌中这种关系更加明显。进一步在TCGA数据中验证也得到了相同的结果。这些结果均提示SBF2-AS1可能是预后不良的生物标记物。3 SBF2-AS1可在体内、体外促进LUAD细胞增殖:我们设计了特异性SBF2-AS1的小干扰RNA(si RNA),并构建了SBF2-AS1过表达质粒。干扰肺腺癌细胞株A549后与细胞周期相关基因变化最明显,提示SBF2-AS1可能与细胞周期和增殖相关,并通过对细胞周期和增殖的调控发挥生物学功能。在肺癌细胞株中干扰SBF2-AS1后,细胞周期发生了G1期阻滞。Cyclin D1和P21是G1期发挥作用的细胞周期相关蛋白,干扰、过表达SBF2-AS1后Cyclin D1和P21蛋白表达发生了明显的变化,进一步证实SBF2-AS1可能与细胞周期相关。进一步进行体外细胞功能学实验结果表明干扰SBF2-AS1可以显著抑制LUAD细胞的增殖能力;而过表达SBF2-AS1的结果则相反。通过构建PDTX模型,我们发现敲减SBF2-AS1之后肺腺癌肿瘤的生长速度显著受到抑制。4 SBF2-AS1通过内源竞争性RNA(ce RNA)机制调控转录因子E2F1:通过核质分离实验发现肺腺癌细胞株中SBF2-AS1主要分布于细胞浆中,提示SBF2-AS1可能在转录后水平调控肺腺癌细胞。ce RNA机制是lnc RNA发挥转录后水平调控的重要机制之一。生物信息学分析SBF2-AS1可能结合的micro RNA(共4个),Ago2-RIP显示SBF2-AS1可结合Ago2蛋白作为其发挥ce RNA机制的分子基础;biotin-pull down实验证实mi R-338-3p及mi R-362-3p可与SBF2-AS1结合;此外,过表达mi R-338-3p/362-3p并不影响SBF2-AS1的表达水平。敲减SBF2-AS1后E2F1下调最明显。biotin-pulldown实验及双荧光素酶报告基因证实mi R-338-3p/362-3p均可靶向E2F1 m RNA的3’UTR区,且在m NRA及蛋白层面均可下调E2F1的表达;拯救实验证实mi R-338-3p/362-3p可部分拯救SBF2-AS1促进LUAD细胞增殖的生物学功能。5动物模型验证SBF2-AS1可以成为LUAD治疗新靶点:SBF2-AS1通过吸附mi R-338-3p/362-3p来发挥对LUAD细胞增殖的调控作用,如果是SBF2-AS1 mi R-338-3p/362-3p的结合位点发生突变,则SBF2-AS1不再促进LUAD细胞的增殖。免疫组化进一步证实E2F1是SBF2-AS1下游靶基因。结论:本研究表明SBF2-AS1是早期肺癌相关Lnc RNA,通过吸附mi R-338-3p/362-3p促进E2F1的表达来促进LUAD肿瘤形成作用。SBF2-AS1-mi R-338-3p/362-3p-E2F1调控轴可能成为LUAD预后评估指标和潜在治疗靶点。
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