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目的：分析基层医药卫生体制综合改革后乡镇卫生院运行情况，探讨改革成效和存在的问题，为基层医药卫生体制综合改革相关政策的制定和调整提供科学的参考依据。方法：选取安徽省北方某县（县级市）为研究现场。选定该县辖区内全部15家乡镇卫生院为研究对象。通过查询该县卫生统计信息网络直报系统、新农合管理系统数据等方法，获取该县2007-2011年15家乡镇卫生院运营数据，运用excel2003建立数据库、录入资料，进行统计描述性分析。同时，采取对相关人员访谈方式，了解基层医药卫生体制综合改革利益相关方对改革的认可程度、基本药物制度实施效果和存在的问题、基层医改对病人流向的影响、基层医改对医务人员积极性的影响。结果：①2010年，乡镇卫生院总收入、药品收入、医疗收入环比下降40.2%、70.4%、22.1%，2011年环比增加89.6%、29.7%、31.1%；②2010年，乡镇卫生院总支出、药品支出、医疗支出环比下降48.6%、62.8%、41.8%，2011年环比增加158.6%、54.1%、157.1%；③2010年、2011年乡镇卫生院财政收入环比分别增加321.6%、273.3%，财政支出环比增加421.0%、776.6%；④2010年、2011年乡镇卫生院住院人数环比分别减少26.2%、10.9%，2011年门诊人次环比减少23.9%；⑤2010年，乡镇卫生院次均门诊费、次均门诊药品费、次均住院费用、次均住院药品费环比分别下降36.0%、45.7%、58.6%、73.4%，2011年，环比分别增长51.6%、29.2%、62.1%、81.1%；⑥2011年卫技人员年人均负担门诊人次仅为482人次，环比减少21.5%，2010年、2011年卫技人员年人均负担住院人数环比分别减少11.8%、10.0%，卫技人员年人均负担住院床日无显著变化。结论：①医改后，财政对乡镇卫生院支持力度较大，起到了改善医院收支结构的效果；②医改后，乡镇卫生院对病人的分流能力减弱，政策没有起到引导病人“下沉”的效果；③医改后，乡镇卫生院次均门诊及住院费用下降明显，群众看病贵问题得到一定程度缓解，但2011年出现较大增幅；④医改后，骨干医务人员流失、病源减少是造成乡镇卫生院服务效率下降的原因。建议：①加大绩效考核力度，拉大医务人员收入差距；②合理核定医疗服务价格标准，增加乡镇卫生院医疗收入；③加大药品使用监管，防止医疗费用总体水平反弹；④拉大不同等级医疗机构医保待遇，建立基层首诊、分级诊疗的就医新秩序。