植物内生真菌是自然界十分丰富的资源，是寻求天然产物的重要途径。天然色素与合成色素相比具有安全、经济等诸多优越性，近年来已成为人们关注的热点。　　通过对三角叶黄连内生真菌的分离纯化，共得到153株内生真菌，分属2目4科。实验发现不同生态条件下的三角叶黄连内生真菌及三角叶黄连不同部位内生真菌的种群和数量具有明显差异。　　通过比较菌丝生长速率和色素分泌量的大小，对培养基种类以及菌株种类进行筛选，最终选出最适培养基为PDA培养基，最佳产色素菌株为菌株HS3NY。根据菌株HS3NY的显微特征观察，该菌株属半知菌类Fungi Imperfeeti。用ITS-DNA测序鉴定，将所得测序与Genebank中的序列进行比对，确定菌株HS3NY为尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum。　　通过单因素实验考察了氮源、碳源、pH、接种量、温度、装液量、培养时间对红色素产量的影响，确定最佳产红色素优化培养条件为:以20％马铃薯、2.5％淀粉为培养基，pH为7.5，接种量为20％，在温度18℃下，培养11d。　　通过单因素实验和正交实验确定优化提取条件为:将干燥菌体和5倍量的石英砂混匀，通过研磨法进行破壁，以CH2Cl2为溶剂，60倍料液比在45℃条件下，提取90min，3级提取级数。通过系统预实验，初步确定红色素为醌类化合物。　　考察红色素的性质结果表明:该红色素为脂溶性色素，极溶于CH2Cl2和CHCl3，最大吸收波长是515nm。该色素具有良好的热稳定性和光稳定性，对碱、维生素、大部分防腐剂、食品添加剂及大多数金属离子稳定，对酸性物质、双氧水类氧化剂、高浓度的苯甲酸钠以及Fe3+和Zn2+不稳定易变黄。通过DPPH法测得该色素具有一定的抗氧化性。　　用提取色素对布料以及大米进行染色，结果表明该红色素着色力强，染色后的产品颜色鲜艳，表明该色素具有一定的开发利用价值。