北部湾经济区自被提升到国家发展战略层次以来，越来越受到社会各界的广泛关注。在目前的经济发展需求与管理体制下，北部湾经济区急需建立一系列的跨区域的政府合作机制，来保障北部湾经济区内政府合作的有序进行，有力推动北部湾经济区一体化发展。通过横向与纵向对北部湾经济区内政府间合作研究发现目前北部湾经济区实行条块分割的行政管理体制，经济区内各市存在产业同构、重复建设、政策冲突、信息共享机制缺乏等问题。而各市政府间的合作协同机制不健全与不完善，使得经济区内各市各自为政、地方保护主义加强、政策规则地方倾向明显等问题加剧，严重制约与影响了北部湾经济区的发展。因此解决这些问题最为重要是如何协调好中央与地方政府、地方政府之间与地方政府各个部门、地方政府与社会间的关系，构建与完善北部湾经济区政府协同机制，才能够有力的推动北部湾经济区的一体化进程，实现国家的发展战略。为了有效治理北部湾经济区出现的问题，整体性治理应运而生，旨在利用整体性治理的方式、方法、思路去解决北部湾经济区政府合作过程中存在的问题，实现对政治权利、资源间的整合以及多元利益主体间的协调合作。为了吸取国内外的相关经验，选取了日本大都市圈、泛珠三角经济区进行分析以期能借鉴。同时在通过理论梳理、比较分析、文献研究与对北部湾经济区政府协同合作机制存在的问题以及原因的分析的基础上提出构建整体性的北部湾经济区政府协同机制建议。即从完善制度、优化组织结构、合理的合作机制、构建信息共享机制上提出构建整体性的北部湾经济区政府协同机制运行模式，为未来区域政府间的合作提供一种新的方法。