MicroRNAs(miRNAs)是一种内源性小非编码RNA,参与转录后基因调控,在植物生长、发育和应激反应中起关键作用。西瓜是世界上重要的农作物之一。然而,西瓜中的mi RNAs和phasiRNAs及其功能尚未得到充分的研究。在此,我们通过分析来自根、叶、雄蕊、花瓣和果实的14个小RNA样本以及一个已经发表过的混合组织样本,利用生物信息学和实验方法分析西瓜中的miRNAs和分段次级小干扰RNA。我们利用SeqTar算法及西瓜叶子降解组数据识别miRNAs和phasiRNAs的靶基因。我们识别了97个保守的前体miRNAs,其中58个保守的前体miRNAs未被报道过,348个保守的成熟miRNAs不包括前体miRNAs。我们还发现了9个新的前体mi RNAs编码18个成熟的miRNAs,发现了101个编码21个核苷酸小干扰RNA的PHAS位点,241个编码24个核苷酸小干扰RNA的PHAS位点。利用西瓜叶子降解组数据,我们识别了127个保守miRNAs以及TAS3生成的tasiRNAs的靶基因。本研究结果对西瓜中小调控RNA以及它们的靶基因提供了一个全面的分析。