我国2005年修订的《公司法》在一定程度上通过加大任意性规范的内容,给予公司更为广泛的意思自治。此次对《公司法》所进行的的全面而又重大的修订,结束了以前《公司法》的过渡性法律地位,标志着我国具有现代意义的公司法律制度已经初步确立。1公司可以根据公司法的规定来规范其内部运作,从而体现了对于股东权益的尊重与保护,同时也使商事交易更加迅捷。与此同时,公司也可以通过股东协议与公司章程对公司的各项具体事项进行规定,从而使公司的运作更符合其自身发展的需求。股东协议是公司在成立前,由发起人签订的协议,用来规定如何组成公司的合同,其效力及于缔约的全体当事人；公司章程是公司成立后,公司原始股东签署的具有约束公司内全体人员,包括签署的股东、董事、监事、高级管理人员,甚至于未曾签署章程而后加入公司的其他人员。公司章程是公司一切规章制度的总根源。并且,股东协议在公司成立之后,其效力并不必然丧失,其与公司章程是二条并行不悖的公司“管理线”。近几年,随着公司的发展,股东协议在实践中大量的涌现,公司章程亦随着公司的变化而进行不断的修改,这就会造成在实践中股东协议、公司章程与《公司法》的强制性规定有所冲突。为了解决此种争议,应该对股东协议、公司章程与公司法中强制性规范、任意规范之间的联系与区别,使之更适应于公司的发展需求。本文除引言及结语之外,共分四章。第一章主要对公司章程的性质及界定进行说明。学界对于公司章程的性质主要有三种观点,分别为契约说、宪章说以及自治法说。公司章程的生效时间亦影响着其对于公司内部与公司外部的效力问题。章程一经发起人签字生效,即对发起人的行为产生约束力,发起人或是股东可以根据章程的规定享有权利承担义务,其权利义务即根源于章程。并对公司章程在我国的实行现状加以分析评述,并指明现存的公司章程的不足之处。第二章阐述了股东协议的审查,分别从发起人的定义与理解、股东协议的合同本质、合伙特性进行了详细的描述,并着重比较了股东协议与公司章程的联系与区别,明晰了股东协议在公司登记设立之后的效力问题,从学界的“替代说”与“并存说”的讨论引发出公司设立后股东协议如没有无效、可变更或撤销等情形,仍应具有法律约束力。第三章着重探讨公司法规范结构,对此学界有“二分法”与“三分法”两种学说,其本质在于分析当事人的意思自治在公司法范围内的界限问题,并对公司法强制性规范进行重点描述,通过此描述来分析股东协议、公司章程在公司法内的有限自由：不得违背公司法的强制性规范,但对公司法的赋权性规范、补充性规范可以加以细化补充。第四章通过对2013年、2014年法院审理的三起公司法案件评论分析,从实例中更为全面的阐述股东协议、公司章程对于公司法的排除适用,以及上、下级法院对于此问题的不同理解,从而对股东协议、公司章程与公司法的关系以实例论证的形式再次加以明确,也体现出司法实践中不同法院的理解,需要出台有效的司法解释或者的指导思想予以界定。最后得出结论是：股东协议并不会随着公司登记成立而必然丧失其效力,在没有被修改、变更、解除之前,股东协议与公司章程系两条并行不悖的公司“管理线”在与公司法的关系中,股东协议、公司章程不能排除公司法的强制性规范,但可以对其加以细化以使法律条款更为明晰；同时,股东协议、公司章程可以对公司法的赋权性规范、补充性规范加以补充或者设定,从而使其更适应与本公司的发展需求。