中医学的最大特点，在于其理论体系贯穿了中国传统的整体认识论；现代科学开始倡导运用具有“整体”或“系统”特征的理论处理复杂性问题。因此，整理和研究中医学整体认识论的基础及其内在规律，对中医理论的发展和进步具有重要意义，也可能对推动其它学科的发展提供思路。论文主要采用文献学、逻辑学和多学科方法，系统分析中医整体认识论的学说体系、基本依据并揭示其认识规律，探讨其对发展中医理论和其它学科的作用。构成中医学整体认识论的三大学说体系：气一元论主要是关于事物本原的整体认识论基础；中医学把气作为最一般的范畴，赋予其最高的规定性和包含性；对认识人体、解释生命、探讨疾病、指导防治等，气一元论均发挥了基础性作用。阴阳学说主要是关于事物运动根源和规律的整体认识论基础；中医阴阳学说是建构中医理论的基石，在更深层次说明了气的运动特性，大大丰富了气一元论对事物多样性的解释。五行学说主要是关于事物多样性和统一性的整体认识论基础；在中医学天人关系模式的构建中，五行理论具有重要的媒介作用，并形成了中医学传统的时空观。中国古代的整体认识取向，为中医学整体认识论的建构提供了基本依据：万物同源把万物都看成是有共同之“源”，为三大学说的形成和发展奠定了基础。万物同质认为万物之源就是气和气的运动，构成了中医理论整体认识的特质。万物同构指一切事物都有共同的过程结构和空间结构，使中医学整体认识论逐渐深化和明晰起来。万物同性指一切事物都是气及其运动的具体体现，认识到事物的基本运动规律都是气运动的规律。中医学整体认识论在总体上体现着共同的认识规律：同气相求是指具有相同或相似性质、功能或位置结构的事物之间，存在着亲和、互助和增长关系，这是事物之间最常见的一种联系方式。异气相感指不同事物或事物内部不同方面之间的相互制约、相互渗透和相互转化的关系。整体制约指在一个整体内部，其各组成部分之间并不是彼此独立的，它们之间的关系也决不是单向的或线性的，而是非线性的。任何一个部分，都处于与其它各组成部分之间的广泛联系之中。形气转化规律指形和气是自然万物存在的两种基本形式，形气之间是可以相互转化的，这种转化既有特定的时间空间规律，也与转化条件的具备与否有着密切联系。论文认为：中医学整体认识论是由气一元论、阴阳五行学说为主构建而成的相对完整的学术体系。其形成的基本依据是中国古代万物同源、万物同质、万物同构、万物同性的认识取向。体现着共同的认识规律，即同气相求、异气相感、整体制约、形气转化的规律。中医学整体认识论在中医理论构建、传承与发展中发挥了重要的促进作用：中医学整体认识论吸收了中国哲学重和谐、重统一的思想，为形成中医学独特的理论体系发挥了重要作用。气、阴阳和五行相结合，为中医理论提供了本体论和方法学原则，促进了中医学的长期发展。中医学整体认识论强调机体各种结构和过程之间的密切联系，这种系统综合思维方法，在今后中医学的发展中仍然具有长远影响。在充分肯定中医学整体认识论的重要意义的同时，也应当客观地看到：气一元论对于具体事物间的联系，往往只是给予一种泛泛的、哲学性的、方向性的说明，在一定程度上影响了进一步揭示事物本质。阴阳五行学说毕竟属于古代自然哲学范畴，具有时代的局限性，表现为中医理论的直观性、模糊性和超稳定性等。对于中医学的长远发展，有两个具体问题值得思考：在进一步明确中医学整体认识论的指导思想地位的同时，尽可能避免哲学术语对具体科学术语的替代，探索完善中医学作为具体科学的术语体系，应是今后中医研究的主要任务之一。应当全面认识中医学整体认识论的原旨，把整体和部分放在同等重要的位置上，这是中医认识论领域应当充分重视的问题。