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流行性感冒(流感)是由流行性感冒病毒(流感病毒)的引起的呼吸系统传染病。流感病毒属于正粘病毒科，是负单链RNA病毒。流感病毒根据核蛋白(Nucleoprotein,NP)和基质蛋白(Matrix protein,MP)抗原性的不同分为甲、乙、丙三种分型，均可以感染人。其中甲型流感病毒的变异能力最强，能引起流感季节性流行或流感大流行。乙型流感病毒变异能力较弱，一般起流感季节性流行。丙型流感病毒抗原性比较稳定，较少引起流行。
甲型流感病毒自1918年从鸟类进入人际传播，引起西班牙流感大流行。甲型流感病毒通过抗原漂移和抗原转换发生变异，产生病毒变异株或新的病毒亚型，是甲型流感病毒在人群引起季节性流行的流感大流行的主要原因。人际流行毒株和禽流感病毒通过抗原转换发生重组，引起1957年和1968年两次流感大流行，分别把H2N2和H3N2两种流感病毒亚型带入人群中。流感大流行使一种病毒亚型持续在人群中传播，引起季节性流感流行直至下一次流感大流行。H1N1自1957年停止在人群中传播，1977年重新进入人际流行。H2N2自1968年后不在人群中流行。目前H1N1和H3N2两种甲型流感病毒同时在人群中流行。
甲型流感病毒的病毒体结构主要包括包膜和核衣壳。病毒体包膜上镶嵌着两种糖蛋白：血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase，NA)。目前已鉴定了16种HA(H1-H16)和9种NA(N1-N9)。甲型流感病毒通过HA和NA不同的组合方式而形成多种亚型，如曾在人群中流行的H1N1、H2N2和H3N2。病毒核衣壳位于病毒体的核心，主要成分是由病毒RNA和NP组成的核糖核蛋白(ribonucleoprotein,RNP)，在RNP上附着着RNA聚合酶复合体蛋白(PB1，PB2和PA)。甲型流感病毒基因组包括8个基因片段，编码11种蛋白质：HA，NA，NP，M1，M2，PA，PB1，PB2，PB1-F2和，PB2，以及两个非结构蛋白(nonstructural protein,NS)NS1，NS2(NEP)。
2009年4月，从墨西哥和美国的流感患者身上鉴定一种新的猪源H1N1流感病毒。随着新甲型H1N1在世界范围迅速传播，世界卫生组织(World healthorganization,WHO)于2009年6月11日宣布将流感大流行警戒级别提升至最高级别6级，宣布流感疫情进入全球大流行阶段。在流感大流行的初期进行病毒传播的密切监测，及时发现病例，迅速进行鉴定，对减低流感大流行的危害具有十分重要的意义。
本论文在2009年甲型H1N1流感大流行的初期在广州市进行密切监测，及时取得广东首例输入性甲型H1N1流感疑似病例，以及我国第1例和第2例甲型H1N1流感二代疑似病例的临床鼻/咽拭子标本，经过荧光定量PCR(Real-timePCR)进行检测，病毒核酸呈阳性反应。对上述3例甲型H1N1病例进行病毒全基因组测序，鉴定为新甲型H1N1流感病毒(A/H1N1/09)。本论文通过MDCK细胞和SPF鸡胚对临床标本中的流感病毒进行分离培养，成功分离两株A/H1N1/09。
HA是流感病毒的表面抗原之一，通过结合细胞表面受体介导病毒的侵入宿主细胞。本论文比对人季节性H1N1和A/H1N1/09的HA序列，找到位于抗原决定簇以及受体结合区的氨基酸突变。通过同源建模的方法构建A/H1N1/09 HA的三维结构。进一步分析表明，HA220位和239位氨基酸受到正选择作用。220位苏氨酸(T220)的频率分布在大流行的过程中呈增长趋势。239位的谷氨酸/甘氨酸突变可能对HA和受体的结合能力有减弱作用。由于HA220位和239位氨基酸处于的抗原决定簇区域和受体结合区与流感病毒的传染能力有关，针对新甲型H1N1生产流感疫苗和开发抗流感药物的时候应把注意这两个位点及其受到的正选择作用。
NA是流感病毒的另一个表面抗原，在成熟病毒体的芽生释放和病毒扩散的过程中起着重要作用。NA抑制剂如奥司他韦和扎那米韦是流感病毒的主要治疗用药。本论文通过NA活性抑制试验对55个小分子化合物进行抗流感药物的初步筛选，筛选出NA抑制效率最高的化合物VD3。进一步试验表明VD3能抑制A/H1N1/09，人季节性H1N1和猪H1N1的NA活性，并且在流感病毒的体外复制模型中可以抑制病毒的复制，在病毒感染的过程中对细胞有一定的保护作用。说明VD3有望成为抗流感病毒药物的先导化合物。