在高度动态变化和竞争激烈的环境中,通过跨组织的技术创新合作提升创新效能、形成竞争优势已成为一种重要趋势,然而学术界对于跨组织技术创新合作模式的研究没有很好地解决各组织参与到合作中去所面临的实际问题。本文正是在这种背景下展开对跨组织技术创新合作模式与运作方法的研究,从而提出适合我国国情和创新发展的优化策略,以期在理论和实践上为跨组织技术创新合作提供支持和借鉴。探索跨组织技术创新合作模式及运行机制。根据对合作创新、合作创新模式、协同创新模式等相关文献的回顾,系统梳理了国内外跨组织技术创新合作模式及运行机制,介绍并分类整理了同类别组织和跨类别组织技术合作创新模式,结合东莞松山湖以及东莞华南协同研究院的实际例子开展现状描述。探索考虑参与组织均为企业的同类别组织技术创新合作的利益分配机制。基于合作博弈理论,在确定企业方投入资源类型的情况下,构建了企业合作技术创新利益分配机制。研究结果表明:（1）在企业间合作协同效应系数大于等于0的情况下,各企业可以通过合作提升技术创新所得的利益;（2）Shapley值法的利益分配机制可以保持企业间技术创新合作的稳定性;（3）投入要素贡献系数、成本系数和协同效应度等参数会影响到企业技术创新合作的稳定性,合作企业需要根据不同的参数条件采取针对性的资源投入决策。探索跨类别组织技术创新合作的利益分配机制。通过合作博弈理论构建了参与组织分别为高校和企业的跨组织技术创新合作的利益分配机制。结果表明:（1）企业和高校协同效应度大于等于0的情况下,企业和高校在跨组织技术创新合作中分配所得收益大于独立进行技术创新所能获得的收益;（2）Shapley值法的利益分配机制在跨组织技术创新合作中保证了合作的稳定性;（3）要素贡献系数、成本系数、协同效应度、政府补贴系数等不同的参数值会对跨组织技术创新合作的稳定性产生影响。文章最后提出了符合我国国情的对策建议,无论是从理论上还是实践上对于跨组织技术创新合作都具有一定的指导意义。