内蒙古自治区的民办高等职业教育走过近三十年的发展历程,形成了一定的办学规模。民办高等职业教育已经成为自治区高等教育体系中不可缺少的组成部分,为自治区教育事业发展做出了应有的贡献。但是,近年来自治区民办高等院校在办学中遇到了诸多困难和亟需解决的问题,主要有生源减少,办学经费短缺,教学设施和办学条件与公办院校相比,拉开了巨大的差距,师资队伍不稳定,难以深化教学改革提高教学质量等。自治区民办高等院校存在的这些困难和问题自身难以克服和解决,多数院校面临生存危机。本文论述了在内蒙古自治区民办高等职业教育发展的重要意义,对自治区现有的民办高职院校从专业设置、招生情况、教育经费、办学条件、师资队伍等方面存在的困难和问题,做出系统分析,在此基础上提出解决的对策。其中主要有自治区政府加强对高等职业教育的宏观管理；民办高职院校树立品牌意识,突出办学特色；深化高等职业教育投资体制和管理体制改革；民办高职院校深化教育教学改革等积极的发展对策。