拟穴青蟹(Scylla paramamosain)隶属于甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、短尾亚目(Brachyura)、梭子蟹科(Portunidae)、青蟹属(Scylla)，广泛分布于印度-西太平洋沿岸水域，在我国主要分布于东南沿海水域，包括浙江、福建、台湾、广东、广西和海南等的沿岸水域。近年来拟穴青蟹养殖规模不断扩大，对拟穴青蟹苗种的需求量也越来越大，因此优良品种的选育以及分子标记选择辅助育种就成为一项重要的研究课题。而清晰地系谱信息对于有效地选留亲本及对亲本的管理至关重要，而分子遗传标记能够有效地鉴别家系，获得家系的系谱信息。因此，对于一些分子标记相对匮乏的物种，分子遗传标记的开发就显得尤为重要。本研究分别以拟穴青蟹宁德和清澜的野生群体为研究材料，利用直接测序的方法发掘了37个基因相关的候选SNP位点，并使用SNaPshot分型方法对其中24个SNP位点成功分型；利用拟穴青蟹转录组深度测序得到的大量微卫星基因序列开发了63个多态性微卫星标记；并将10个多态性微卫星标记用于拟穴青蟹的系谱认证和亲子鉴定研究。获得的实验结果如下：1、从数据库中下载拟穴青蟹mRNA序列166条，根据序列长度，选取其中68条用于特异性引物的设计，共设计特异性引物70对，其中有23对引物的扩增结果被成功测序，最终得到12500bp的拼接序列，通过序列比对，共发掘到37个候选SNP位点，表明在拟穴青蟹基因组中每338bp就有一个SNP位点出现。经SnaPshot分型方法，最终有24个SNP位点被成功分型，其中14个SNP位点发生转换突变，10个发生颠换突变，转换和颠换的比例为1:0.71。24个SNP位点中有8个位于外显子区域，16个位于非编码区域。24个SNPs均含有2个等位基因，次要等位基因频率的分布范围在0.02~0.44之间，观测杂合度的分布范围0.04~0.59，期望杂合度的分布范围为0.04~0.50，平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.30和0.31。通过哈迪温伯格平衡和连锁不平衡检验，结果显示所有位点均符合哈迪温伯格平衡（P＞0.05）；位于真核生物起始因子4A基因的位点ScPaSNP05和ScPaSNP07之间，位于α-I微管蛋白基因的位点ScPaSNP14, ScPaSNP15和ScPaSNP21之间，位于基质金属蛋白酶亚基1的位点ScPaSNP19和ScPaSNP20之间，以及位于甘露糖结合蛋白基因的位点ScPaSNP22和ScPaSNP24之间存在连锁不平衡现象，但是在不同基因间SNP位点之间没有发现连锁不平衡。经Bonferroni校正后，各位点之间没有明显的连锁不平衡现象（P＞0.0021）。2、以拟穴青蟹转录组深度测序获得大量微卫星序列为依据，利用软件primerpremier5.0共设计引物300对，最终筛选出63对多态性微卫星引物。用Popgen软件对63个位点的遗传参数进行分析，结果表明，63个多态微卫星位点的观测等位基因数目在2~14之间，平均每个位点5.6个；有效等位基因数目在1.4~9.1之间，平均每个位点3.8个；观测杂合度和期望杂合度分别在0.19~1.00之间和0.27~0.90之间，平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.67和0.66；多态信息含量（PIC）在0.25~0.89之间，平均多态信息含量为0.62。经过哈迪温伯格平衡和连锁不平衡检验，结果发现，经Bonferroni校正后，有11个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(PH-W<0.0008)，各位点之间不存在连锁不平衡现象。3、利用10个多态性微卫星标记对4个系谱清晰的全同胞家系进行系谱认证和亲缘关系的分析。结果表明，在个体父母本基因型均未知的情况下(E-1P)，10个微卫星位点的单独非父排除概率为59.3%~88.0%，已知一个亲本基因型时的非父排除概率(E-2P)为41.2%~72.6%，两种情况下10个微卫星位点的累积非父排除概率分别为97.02%和99.83%。其他3种情况的累积非父排除概率均大于99.9%。运行CERVUS3.0软件的模拟分析功能得到微卫星位点的数目与家系鉴别成功率之间的关系，发现出多态性微卫星位点的数目越多，非父排除率也就越高。在双亲未知的情况下，设置置信度为95%，当7个多态性微卫星标记被使用时，其成功分配率可以达到100%。然后通过引入双盲验证试验，使用这7个多态微卫星标记拟进行拟穴青蟹的亲子鉴定分析，结果表明95%的个体能够准确找到他们真正的父母。对双盲个体进行聚类分析，结果表明，95%的个体与系谱信息一致。这一结果验证了微卫星标记在拟穴青蟹亲子鉴定分析中的可行性。