五种突颜寄蝇亚科昆虫线粒体全基因组分析

来源 :贵州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zphym
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目的:为丰富双翅目寄蝇科昆虫线粒体基因组的数据,进一步开展线粒体基因组的研究,对五种突颜寄蝇亚科昆虫的线粒体基因组进行测序,利用生物信息学和比较基因组学方法分析其同源性,并重建寄蝇科Tachinidae系统发育树,探究突颜寄蝇亚科与寄蝇其他分类阶元之间的进化关系。方法:采用长PCR加引物步移法结合高通量测序的方法扩增线粒体全基因组,对5种突颜寄蝇亚科昆虫线粒体基因组进行测序,运用生物信息学原理和技术对所测得DNA序列片段进行组装、拼接和基因注释后对线粒体基因组的碱基组成、氨基酸组成、密码子使用等进行系统地比较分析和研究。以丽蝇科的Lucilia sericata和麻蝇科的Sarcophaga crassipalpis为外群,以包括本研究中5种突颜寄蝇在内的已知线粒体全基因组数据的23种寄蝇为内群,基于13个编码蛋白质基因(PCGs),以最大似然法(Maximun Likelihood)构建系统发育树,研究寄蝇科及突颜寄蝇亚科的系统发育。结果:通过对五种突颜寄蝇亚科昆虫线粒体基因组测序及比较分析研究,得到如下结果:(1)5种突颜寄蝇亚科昆虫线粒体DNA分子呈典型环状、闭合、双链的结构,长度分别为15,185 bp(斑须蝽膜腹寄蝇Gymnosoma dolycoridis)、15,242 bp(比贺寄蝇Hermya beelzebul)、15,114 bp(中介筒腹寄蝇Cylindromyia intermedia)、15,216 bp(黑跗罗佛寄蝇Lophosia sp.)、16,034 bp(狭尾罗佛寄蝇Lophosia angusticauda),均编码37个基因(13个蛋白编码基因、2个r RNA基因、22个t RNA基因)。每个种的基因数目,排列顺序以及基因方向与寄蝇科线粒体基因组的基因结构相同,未发现有基因重排现象,同时普遍存在基因重叠和间隔现象。(2)A、T、C、G碱基表现出典型的AT偏向性,分布不均衡,核苷酸组成呈现出明显的AT偏向性。(3)最大基因重叠(24 bp)出现在中介筒腹寄蝇C.intermedia的位于t RNAPhe和ND5基因之间。而最大基因间隔长达69 bp,存在于比贺寄蝇H.beelzebul的t RNACys和t RNATyr基因之间。其中无基因重叠和间隔情况如下:斑须蝽膜腹寄蝇G.dolycoridis有9处,中介筒腹寄蝇C.intermedia有10处,比贺寄蝇H.beelzebul有6处,黑跗罗佛寄蝇L.sp.有12处,狭尾罗佛寄蝇L.angusticauda有8处。(4)16S r RNA位于t RNAVal和t RNALeu(CUN)之间,12S r RNA位于t RNAVal与控制区之间。16S RNA长度范围在1,292 bp(G.dolycoridis)到1,324 bp(H.beelzebul)之间,12S r RNA基因长度范围从775 bp(H.beelzebul)到799 bp(G.dolycoridis)之间。(5)除斑须蝽膜腹寄蝇G.dolycoridis和中介筒腹寄蝇C.intermedia的COⅠ基因以CGA为起始密码子外,剩余3个种COⅠ基因均以TCG为起始密码子。剩下其它的12个编码蛋白质基因均使用ATN作为起始密码子。与其他寄蝇科昆虫一样,大部分编码蛋白质基因都是以TAA或TAG为完全终止密码子。(6)22个t RNA基因呈不连续分布,其基因总长度大小分别为1,465 bp(G.dolycoridis)、1,463 bp(C.intermedia)、1,474 bp(H.beelzebul)、1,450 bp(L.sp.)和1,457bp(L.angusticauda),分别占线粒体全基因组的9.64%、9.67%、9.67%、9.52%和9.08%。t RNA基因大小从62 bp(黑跗罗佛寄蝇L.sp.的t RNACys、狭尾罗佛寄蝇L.angusticauda的t RNALeu(CUN)和t RNAArg)到72 bp(G.dolycoridis、C.intermedia、H.beelzebul和L.sp.的t RNAVal)。除t RNASer(AGN)二级结构缺少D茎外,其它21个t RNA均为典型的三叶草结构。除经典的A-U和C-G配对外,5个种均未出现U-U和A-C错配,而U-G错配5个种均有发生。(7)突颜寄蝇亚科Phasiinae不是单系群,所有追寄蝇亚科Exoristinae物种集聚形成一个分支,其单系性得到了很好的支持。(8)(中介筒腹寄蝇C.intermedia+(黑跗罗佛寄蝇L.sp.+狭尾罗佛寄蝇L.angusticauda))与(靓寄蝇Rutilia Goerlingiana+汉氏裸盾寄蝇Periscepsia handlirschi)互为姊妹群,构成一个分支。(斑须蝽膜腹寄蝇G.dolycoridis+(圆腹异突颜寄蝇E.roundiventris+圆腹亚美寄蝇S.rotundiventris))和(比贺寄蝇H.beelzebul+巴西强寄蝇Strongygaster brasiliensis)形成另一个分支,与(筒寄蝇族Cylindromyiini+长足寄蝇亚科Dexiinae)互为姊妹群。结论:通过在线粒体基因组水平上对5种突颜寄蝇亚科寄蝇昆虫线粒体全基因组进行测定与比较分析后进行寄蝇科系统发育研究,结果显示:线粒体基因组近全长分别为15,185 bp(G.dolycoridis)、15,242 bp(H.beelzebul)、15,114 bp(C.intermedia)、15,216 bp(L.sp.)、16,034 bp(L.angusticauda)。突颜寄蝇亚科的单系性未得到确认;该亚科中的筒腹寄蝇族Cylindromyiini与长足寄蝇亚科Dexiinae亲缘关系较近,其分类地位也不十分清楚,有待继续进行深入研究。
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