高新技术企业的发展对于一个国家和地区经济的持续发展和实现国家创新战略都有十分重大的意义。走向资本市场,吸收股权资本,引入中小投资者是我国高新技术企业的一条主要融资渠道。对投资者保护问题起源于对公司治理的研究,主要理论流派有契约论和法律论等。本文分别对这两个理论进行了研究和阐述,并介绍了国内目前在此领域的研究情况。本文通过对目前国内高新技术企业中小股东权益保障的现状和对中小股东权益侵害行为进行的实证研究,大致总结和简要的机理分析,得出由于受我国公司治理水平、资本市场及法律制度建设等因素制约,投资于高新技术企业的中小股东在自身股东权益保障和有效退出方面还有很多不尽如人意的地方。给合上述情况,本文根据投资者保护的相关理论对我国高新技术企业中小股东权益保障方面的制度进行了较全面梳理,提出主要应从四个方面来建构这一机制。一是预防性的制度设计,即对公司治理结构的讨论。二是法律保护体系,则主要以06年10月开始实施的新公司法作为论述基础。三是中小投资者的自我保护。最后退出机制也是高新技术企业中小投资者自身权益保障的重要组成部分。本文最后结合当前创业板即将推出的时机,对我国高新技术企业的发展和中小股东权益保障的关系进行简要阐述和展望,在总结全文论述要点的同时提出了一些思考和建议。