目的：　　研究行经肛门一期根治术治疗的先天性巨结肠患儿手术疗效，探讨手术时机的选择。　　方法：　　回顾性分析我科2014年1月至2016年6月收治的132例行经肛门一期根治术的巨结肠患儿病例资料及随访资料，按手术时年龄分为：新生儿组；非新生儿组。　　结果：　　新生儿组患儿的围术期短，术前麻醉时间（2.99±0.79）h、手术时间（1.96±0.97）h与非新生儿组（3.41±0.82）h、（2.36±0.80） h比较，明显缩短（P=0.004、P=0.01）；切除肠管分别为（31.26±12.20） cm，（41.22±14.39）cm，新生儿组更短（P=0.003）.新生儿组有7例术后小肠结肠炎，而非新生儿组有5例，并有3例吻合口瘘，1例肠梗阻出现，两组无统计学差异（P均>0.05）。术后随访排便功能6个月～3年，两组术后各时期的排便功能优良率及评分值均无统计学差异（P均>0.05）。　　结论：　　新生儿行经肛门一期根治术具有围术期短、手术及麻醉时间均较短、切除病变肠管短、术后排便功能恢复较好等优势，明确诊断的先天性巨结肠患儿，在新生儿期早期行手术治疗是相对较好的时机选择。