粗茎秦艽Gentiana crassicaulis Duthie ex Burk.为龙胆科Gentianaceae龙胆属Gentiana(Toum.)L.多年生草本植物，是中华人民共和国药典(2005年版)中秦艽的四种原植物来源之一。近年来，由于种种原因，秦艽野生资源面临枯竭的严峻形势，国家药典4个品种均被列入《国家重点保护野生药材物种名录》。　　 在物种原产地进行就地保护是保护濒危物种的重要且有效方法之一，据我们实地考察，粗茎秦艽的药材栽培在云南(模式标本产地)已形成一定规模，这为深入开展粗茎秦艽的就地保护工作提供了良好的基础。但是不同地理分布与栽培的粗茎秦艽在遗传结构及品质上是否存在差异，这些问题的阐明对于粗茎秦艽种质资源的评价与优良种质的选育具有十分重要的意义。　　 本文应用ISSR分子标记技术研究了粗茎秦艽居群的遗传多样性。通过对ISSR反应过程中的重要参数进行考察，建立了稳定的适合于粗茎秦艽遗传多样性研究的反应体系。选取12个粗茎秦艽居群68个个体，用筛选出的7个ISSR引物进行PCR扩增，共扩增出109条重复性高、清晰的条带，扩增片段分子量为210 bp至2200 bp，多态性条带为97条。在物种水平上ISSR检测出的多态百分率(P)为88.7％，等位基因数为1.8807，有效等位基因数为1.3447，期望杂合度为0.2157，香农信息指数为0.3401。在居群水平，多态百分率(P)范围为0.00％-46.79％，期望杂合度为0.0000-0.1687，香农信息指数为0.0000-0.2508，表明粗茎秦艽具有丰富的遗传多样性；并且栽培居群的遗传多样性不比野生居群的低，说明粗茎秦艽在栽培过程中遗传多样性基本上没有丧失，可在云南地区进行大面积的人工栽培。　　 遗传结构分析表明，在物种水平，较小的基因流(0.3596)导致了居群的分化，居群间的遗传变异(Gst＝0.5817)略高于居群内。遗传聚类分析表明，遗传距离与地理分布有一定的相关性。　　 建立了区别粗茎秦艽近缘种以及粗茎秦艽种内不同居群的指纹图谱。　　 上述工作可为深入开展粗茎秦艽的种质资源评价与保护工作、粗茎秦艽药材道地性研究以及秦艽类药材的品种鉴定提供新资料。