目的：手足裂畸形（split-hand/split-foot malformation，SHFM）是一种严重影响患者精细活动的先天性肢端畸形。我们收集到两个常染色体显性遗传中国人手足裂畸形家系，目的是鉴定这两个家系的致病突变，揭示手足裂畸形发病的分子遗传基础，为患者及家系成员提供遗传咨询和产前诊断服务。 方法：采集家系1五代15人（8名患者）和家系2三代8人（4名患者）的外周血，对先证者TP63基因的部分外显子和侧翼序列进行PCR、直接测序分析。在4个已知的常染色体遗传SHFM位点内部及附近选择微卫星标记，对家系1进行基因分型和连锁分析。用illumina公司HumanLinkage-12 SNPs芯片对家系1进行全基因组扫描和连锁分析，HumanHap550 SNPs芯片对两个家系的先证者进行拷贝数改变分析。用实时荧光定量PCR技术对染色体10q24.3区域的片段重复进行验证。应用连锁分析的方法为家系提供产前诊断。 结果：TP63基因未发现突变。家系1的4个已知疾病位点微卫星标记连锁分析两点LOD值均小于1。基因芯片全基因组扫描和连锁分析在10q24.2-q25.1区域获得了显著性连锁，多点LOD值3.01。拷贝数改变分析家系1先证者在10q24.3区域存在420，860 bp（chr10：102969197-103390056）的片段重复，包含了全部的LBX1、BTRC、POLL基因以及FBXW4基因的6至9号外显子。家系2先证者该区域存在591，068 bp（chr10：102887047-103478114）的片段重复，包含了全部的LBX1、BTRC、POLL、FBXW4基因。通过实时荧光定量PCR验证，重复在家系1中与疾病共分离。单体型图分析胎儿遗传了先证者的致病单体型，推测胎儿为致病基因携带者的可能性大，B超证实胎儿为手足裂畸形。 结论： 1、建立了应用基因芯片全基因组扫描和连锁分析定位、克隆致病基因的方法。 2、确定了两个手足裂家系的致病原因，10q24.3区域的片断重复是导致这两个手足裂畸形家系中患者患病的原因。 3、为两个家系提供了准确的遗传咨询和产前诊断依据，并成功实施了产前诊断，避免了患儿的出生。