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R&D创新活动是获取技术进步的主要途径，也是衡量地区及国家科技发展水平、科技投入强度和科技活动结构的主要指标，在科技创新活动中起着重要的作用。正因为此，与R&D相关的研究一直是经济学界研究的热点问题。在我国这种发展中国家，有关R&D的研究尤其是现阶段R&D效率的研究尤其受到关注。 重庆市是唯一位于西部的直辖市，近年来其经济发展成就举世瞩目。但是就目前重庆市R&D经费投入来看，其规模和强度还比较低。因此，通过分析R&D的效率问题，探讨如何提高稀缺R&D资源的使用效率以发挥其在创新活动中的价值，就成为本文研究的出发点。考虑到R&D产出表现为知识产出和知识商业化产出的事实，为此本文在分析重庆市R&D投入和产出现状的基础上，以DEA的方法从侧重知识生产的R&D执行机构和侧重R&D知识商业价值化的制造业行业两个角度，研究了重庆市R&D的效率问题。 通过本文的研究，有以下发现:(1)近年来，重庆市R&D经费投入的规模和强度不断增加，但是明显低于全国平均水平并且差距呈扩大的趋势。此外，还存在来自政府的R&D经费投入不足、三大类型R&D活动经费投入结构不合理等问题;(2)从专利申请来看，重庆市R&D知识产出的质量不高。专利申请中，外观设计和适用发明专利占据绝大多数，真正体现技术进步的发明专利所占比重比较低。另外，重庆市的技术市场无论从技术合同成交数还是技术成交额规模都比较小，技术市场还有待发展;(3)对R&D执行机构效率研究表明，重庆市高校和企业R&D效率优于科研机构与其他机构的效率，其中科研机构效率最低。因此，对科研机构的改革还有待深化;(4)对重庆市15个资源加工型和电子加工型制造业行业构成的14个决策单元进行效率评价后，发现资源加工型制造业行业的R&D效率高于电子加工型制造业行业，整体上重庆市制造业行业的R&D效率是提高的。具体分析可以看到，重庆市橡胶和塑料制造业、黑色金属冶炼和压延加工业、金属制品业、电器机械及器材制造业、交通运输设备制造业、计算机通信和其他电子设备制造业的R&D效率都比较高，但是，通用设备制造业与仪器仪表制造业的效率则非常低。基于以上研究结论，本文最后提出了相应的对策建议。