论文部分内容阅读
HIV-1最重要的特征之一是其具有高度的遗传多样性,基因重组在其中扮演了十分重要的角色。全球范围内HIV-1流行重组型和独特重组型越来越多,并在HIV的流行中发挥着越来越重要的作用。
本研究选择了一份来自于吉林省同性恋HIV感染者的血浆样本,采用近末端稀释的方法对该样本进行近全长基因组(Near full-length genome,NFLG)扩增,电泳鉴定结果表明成功扩增出9.1kb的近全长基因组片段。获得的阳性PCR产物经胶纯化后直接进行序列测定,获得的序列数据经拼接和清理后,采用MEGA5.05软件进行系统进化树分析,SimPlot3.5.1软件进行重组断点分析,BioEdit7.0.9.0软件进行序列比对分析。
重组断点分析结果显示,该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组形成,主要骨架为CRF01 AE,序列中包括4个重组断点,相对于HXB2分别位于4431bp,4739bp,5501bp和5825bp,2个CRF07 BC片段存在于pol基因和vif-vpr基因区段,长度分别为340bp和323bp。
系统进化树分析结果显示,该病毒中的3个CRF01_AE片段均与来源于我国北方主要在MSM人群中流行的CRF01_AE毒株聚集在一起,其Bootstrap值为100%,这一结果提示CRF01_AE的亲本可能来源于MSM人群,在MSM人群中可能比较容易发生基因重组。该病毒中的2个非CRF01_AE片段与CRF07_BC参考毒株集聚在一起,Bootstrap值分别为77%和99%。序列比对结果显示,2个片段的核苷酸序列均与CRF07_BC参考株一致,这表明2个片段均来源于CRF07_BC毒株。
本研究获得的HIV-1新的重组模式病毒主要骨架为CRF01_AE,常规的利用gag和env基因鉴定HIV亚型的方法无法准确定义,这表明我国HIV的流行可能比预期复杂,HIV分子流行病学研究中对于亚型的鉴定将面临新的挑战。