目的：通过调查新疆南疆三地州农村医疗卫生体系在十五末和十一五末五年期间的发展变化情况，分析目前三地州农村医疗卫生体系发展的关键因素和存在的焦点问题，探讨农村医疗卫生机构提供医疗服务的状况、为合理配置卫生资源、统筹规划重点建设农村医疗卫生、制定相关卫生政策，改善新疆南疆三地州农村医疗卫生体系建设，保证基本医疗卫生稳步可持续发展提供相应的实证参考。　　 方法：通过应用构成比、年均增长率和数据包络方法，使用EXCEL2003和DEAP2.1 软件，对南疆山地州3 市21 县的县人民医院、县妇幼医院、县中/民族医院、乡镇卫生院、村卫生室五所农村医疗卫生机构2005～2009年的基础数据进行统计分析。　　 结果：（1）基本情况：南疆三地州总人口数为635.88 万人，占自治区总人口数的30.29%，占全区少数民族总人口的45.90%，以乡村和农业人口居多，其中喀什地区2009年总人口数和乡村人口数分别居于全疆第一位。（2）基础建设情况：农村医疗卫生机构建设规模、主要设备、床位设置等基本符合标准。（3）资产、收入情况：南疆三地州农村医疗卫生体系建设各项资产增长率稳步提高，其年均增长率在18.55%以上；医疗收支基本平衡且快速发展。（5）新农合情况：截止2009年底南疆三地州参合率为97%以上，为全疆最高；参合农民的主要补偿比分别为：乡级72.30%，县级55.21%，县以外39.55%。（6）卫生人员情况：截止2009年三地州卫生技术人员年均增长率为4.92%；五年来南疆三地州农村卫生人员学历结构、职称结构、执业结构都显著提高。(7)服务量情况：门诊量和住院人数总量明显提高；卫生技术人员人均门诊量增长不大为1.37%,人均住院量增长明显为12.40%；床位使用率和周转次数、门诊次均费用和住院次均费用在2005～2009年期间都有显著提高。（8）综合评价:50%机构全要素生产率提高，50%机构生产要素略微下降。　　 结论：三地州农村医疗卫生体系2005～2009年以来，总体发展状况良好，各项指标总量都有一定提高，但个别指标均量未有太大浮动；在发展的同时，也存在个别急需解决的问题；政府在完善相关卫生政策、促进三地州农村医疗卫生机构稳步发展的同时，更应加强卫生人才的引进和培训，在软、硬件建设到位的基础上使其基本功能发挥到最大。