医科大学学报作为一个内向性和综合性的学报，与医学类的一些专业期刊相比，在国内期刊评价中的排序较落后，创新的稿件少，总体质量不容乐观，影响因子和总被引频次是评价科技期刊常用的重要指标。 本研究对2003-2007年中国科技论文统计源期刊中医科大学学报的影响因子与总被引频次进行了统计，旨在了解医科大学学报的发展趋势，和其在医药卫生类以及在整个科技期刊中的位置。研究结果表明：医科大学学报的影响因子和总被引频次每年均有小幅度的提高，但其平均水平不仅在医药卫生类是最低的，而且与全部收录科技期刊的平均影响因子和总被引频次比较，也较为落后。医科大学学报出现这种现状的原因是多方面的，本文认为，既然学报由学校管理，就应该研究这一条件下学报的改革，那些涉及学校机制等问题的办刊理念实际意义不大，因为学报该如何办很大程度上取决于校领导而不是办刊者。从统计数据可以发现，校内稿件存在外流，目前多数医科大学学报并未完全反映本校的科研水平，因此无论是学校还是编辑部，都应该采取一些积极措施，努力提高医科大学学报的影响力，本文就此提出对策：主办学校应合理定位学报，构建科学的学术质量评价体系，努力提高学报影响因子，强化编辑部的绩效管理，提升医学编辑的编校水平。