柑橘是全球第一大水果,广泛栽培在热带、亚热带及中间型气候过渡地区。林奈(Linnaeus)1753年订立柑橘属,始创近代柑橘分类学。随后,国内外研究者从形态学到基因组学对柑橘分类问题展开了一系列研究,然而,柑橘属及其近缘属的系统进化关系仍存在争议,柑橘属植物的原始野生类型的种类和数目仍不确定,柑橘属植物系统进化基本框架仍需改良。由于柑橘芽变频率高,种属之间无生殖隔离,在条件合适时容易互相杂交且可育等原因,柑橘分类、进化和杂种起源问题较复杂。单拷贝核基因(SCNG)具有双亲遗传、携带大量信息位点和直系同源等特点,较胞质基因组能够更好地反映物种间的进化关系。本文以九里香属(Murrayapaniculata (L.) Jack),黄皮属(Clausina)和蚝壳刺属(Severinia buxifolia (Poir.) Tenore)的3份材料作为外类群,选取了分别位于柑橘9条不同染色体上的9个SCNGs,对包括真正柑橘果树类的27个生物型(其中以柑橘属为主)进行了单拷贝核基因的克隆和序列分析,还选取了一个叶绿体matK基因作为对照。利用raxML和PAUP*(version4.0)软件分别构建了最大简约树(MP)和最大似然树(ML)。1SCNG序列及matK序列的ML和MP树均表明,在本研究所选的材料中,立花橘比道县野橘及南丰蜜橘更原始,印度野橘不属于橘且与枸橼亲缘关系很近,莽山野柑(圆叶)是柑橘植物中非常原始的类型；宜昌橙聚在宽皮柑橘内。2SCNG序列的ML和MP树一致表明,澳指檬属与枸橼亲缘关系近,枳属与金柑属亲缘关系较近。3叶绿体基因matK序列的ML和MP树分析表明,枳属与金柑属各形成一支且枳属位于树的最基部；澳指檬属不能独立成支,且其母本与大翼橙和柚类关系密切。最后我们结合SCNG和matK序列分析了柑橘属植物部分杂交种的起源,酸橙是柠檬的一个母本,而柠檬父本是枸橼；墨西哥莱檬母本是宽皮柑橘,父本为枸橼；宜昌橙与宽皮柑橘具有较近的亲缘关系；推测立花橘起源于我国南岭山脉一带。这些结果在柑橘起源分类及杂交遗传育种等方面具有重要意义。